„Pruskie posunięcia są bardzo niezwykłe” – pisał 10 września do Berthiera zdumiony Napoleon. Bijąca w oczy ich nielogiczność pachniała raczej podstępem wojennym niż ewidentną głupotą dowódców. Uprzedzając deliberujących Prusaków, cesarz grupował wojska w południowo-wschodnich Niemczech, gdzie część z nich stała od końca 1805 r. W połowie września plan był gotów: po koncentracji między Bambergiem i Bayreuth Napoleon zamierzał sforsować Las Frankoński w kierunku na Lipsk lub Drezno, a stamtąd po dobrych drogach uderzyć na Berlin. Na wieść o wejściu Hohenlohego do Saksonii 15 września i wcieleniu dywizji saskich mógł tylko zatrzeć ręce.
4 października Wielka Armia była gotowa: I korpusem dowodził marszałek Bernadotte, III – Da- vout, IV – Soult, V – Lefebvre, VI – Ney, a VII – Augereau. Wraz z gwardią i dywizją Duponta, rezerwą jazdy Murata, dywizją lekkiej kawalerii i sprzymierzonymi Bawarami Napoleon miał do 170 tys. ludzi oraz ok. 250 armat. Liczące 20 – 27 tys. żołnierzy korpusy składały się ze wszystkich broni i zdolne były do samodzielnych operacji.W razie oporu nieprzyjaciela marszałkowie mieli przejść do obrony, a nawet ustąpić, oczekując wsparcia. Zgodnie z taktyką czworoboku, gdyby wróg uderzył z zachodu, awangardą zostałyby korpusy V i VII wiążące go aż do wyjścia korpusów I i III na jego skrzydła. Korpusy IV i VI pozostawały w rezerwie.
Podobna kombinacja dotyczyła każdego kierunku. Przy braku informacji o sile i rozmieszczeniu wroga wielki czworobok gwarantował bezpieczeństwo.8 października Wielka Armia ruszyła frontem ok. 70 km, a pierwszą bitwę (pod Saalfeld) wygrał 10 października Lannes. Z ręki huzara Guindeya zginął tam ks. Ludwik Ferdynand. Napoleon szukał głównych sił cofającego się teraz przeciwnika, które jeszcze 12 października lokował pod Erfurtem, o trzy dni marszu. W nocy nadeszły jednak raporty jazdy, które potwierdzały jego bliskość i odwrót na Merseburg, Halle i Magdeburg. 13 października było jasne, że Prusacy są pod Jeną, a marszałkowie dostali rozkaz zamknięcia pułapki. Przerażony oskrzydlającym ruchem Napoleona Brunszwik zrozumiał groźbę odcięcia od stolicy. Hohenlohe (ok. 40 tys. ludzi, nadciągający już po bitwie gen. Rüchel miał 12 tys.) dostał rozkaz osłony odwrotu głównej armii, która, pobita bez walki, uchodziła wraz z królem. 14 października Napoleon nie spotka jej pod Jeną.
