Pomoc świadczona była także indywidualnie przez księży proboszczów. Do takich należał ksiądz prałat Marceli Godlewski nieukrywający przed wojną swych antysemickich poglądów. W czasie wojny ks. Godlewski był proboszczem kościoła Wszystkich Świętych przy pl. Grzybowskim w Warszawie, który – jak i jego najbliższe otoczenie – znalazł się w getcie. Nie tylko ukrywał w parafii kilkunastu uciekinierów z getta, ale i wyprowadzał z niego dzieci żydowskie. Inną osobą związaną z Kościołem katolickim był Jan Dobraczyński, znany przedwojenny pisarz i publicysta sympatyzujący ze skrajnie nacjonalistycznym i antysemickim odłamem obozu narodowego (ONR). W czasie wojny kierował Referatem Opieki nad Dzieckiem Wydziału Opieki Społecznej Zarządu m. st. Warszawy. Korzystając z zajmowanego stanowiska, wystawił dla dzieci żydowskich ponad 500 fałszywych skierowań do sierocińców prowadzonych przez zgromadzenia zakonne. Dobraczyński został uhonorowany nadawanym przez Yad Vashem medalem Sprawiedliwy wśród Narodów Świata.
W sierpniu 1942 r. przeciw ludobójstwu Żydów i milczeniu katolików wobec zbrodni otwarcie zaprotestowały środowiska inteligencji katolickiej skupione w małej konspiracyjnej organizacji Front Odrodzenia Polski. Ich stanowisko sformułowane zostało w ulotce zatytułowanej „Protest”, której autorką była znana pisarka katolicka Zofia Kossak-Szczucka. W ulotce pisano: „Tego milczenia dłużej tolerować nie można. Jakiekolwiek są jego pobudki – jest ono nikczemne. Wobec zbrodni nie wolno pozostawać biernym. Kto milczy w obliczu mordu – staje się wspólnikiem mordercy. Kto nie potępia – ten przyzwala. (...) Kto dumną przyszłość Polski śmiałby łączyć z nikczemną radością z nieszczęścia bliźniego – nie jest przeto ani Polakiem, ani katolikiem.”
