Napięta atmosfera wojny domowej rodziła czynne wystąpienia przeciwko Żydom, którzy stawali się teraz celem ataków narodowego podziemia zbrojnego. W większości przypadków należy doszukiwać się pobudek politycznych – atakowano bowiem osoby podejrzewane o współudział w komunistycznym aparacie władzy. Bywały jednak także inne powody, np. obawiano się, iż powracający Żydzi będą próbowali odzyskiwać dawne mienie lub też mścić się na tych, którzy wydawali ich Niemcom.
Powszechność stereotypu żydokomuny oraz wzmocniony w czasie wojny propagandą niemiecką antysemityzm powodowały, że życie tracili także Żydzi w ogóle niezwiązani z aparatem komunistycznej władzy. Spośród kilku wystąpień antyżydowskich, do których doszło w pierwszych latach po wojnie, najbardziej krwawy charakter miał pogrom kielecki. 4 lipca 1946 r. w niewyjaśnionych do tej pory okolicznościach podburzony tłum zamordował 42 Żydów, którzy przebywali w budynku kieleckiego Komitetu Żydowskiego przy ul. Planty 7.
Wystąpienie polskich mieszkańców Kielc, przy udziale wojska i Milicji Obywatelskiej, przeciwko Żydom poprzedziła pogłoska o dokonaniu przez nich „mordu rytualnego” na dziewięcioletnim Henryku Błaszczyku. Chłopiec po kilkudniowym pobycie u krewnych bez wiedzy rodziców zeznał, że porwali go Żydzi. Nie wiadomo, kto i w jakim celu wpłynął na chłopca, by złożył takie zeznanie; plotki o tym, że został porwany przez Żydów, pojawiły się, zanim wrócił do domu. Po przesłuchaniu wysłano go w asyście milicjantów i wojska do domu zamieszkanego przez żydowskich repatriantów z ZSRR, by pokazał, gdzie „był przetrzymywany”. W pobliżu zaczął się zbierać agresywny tłum. Atmosferę pogromową podgrzewały plotki, jakoby Żydzi „zamordowali 14 polskich dzieci”.
Milicja i wojsko wpuszczone do zabarykadowanego przez mieszkańców domu zainicjowały tragiczne w skutkach wydarzenia. Pierwsze ofiary padły od ran postrzałowych. Stało się to sygnałem do rozpoczęcia całodziennego pogromu, nad którym władze nie mogły lub nie chciały zapanować. Żydzi czy tylko osoby „wyglądające na Żydów” mordowani byli w całym mieście, a także w pociągach przejeżdżających przez Kielce. Wśród ofiar były dwie kobiety w ciąży, dwoje małych dzieci, trójka młodych ludzi od 14 do 17 lat oraz pielęgniarka, którą zabito za próbę udzielania pomocy rannym. Dziewięć ofiar zmarło w wyniku ran postrzałowych, dwie z powodu ran od bagnetu, pozostali zostali zatłuczeni łomami, kijami, kamieniami itp. Co najmniej dwóch zabitych i jeden ranny nie byli Żydami.
Przeprowadzone po pogromie pospiesznie śledztwo przebiegało z pogwałceniem prawa. Na śmierć skazano dziewięć przypadkowych osób, trzy otrzymały niższe kary; nie ukarano jednak wielu winnych. Władze komunistyczne, wykorzystując pogrom do walki politycznej, usiłowały obarczyć odpowiedzialnością „andersowskie zbrojne podziemie”. W wielu środowiskach powszechne było jednak przekonanie o prowokacji organów bezpieczeństwa. Pogrom i pogrzeb pomordowanych na trwałe zapisały się w pamięci emigrujących z Polski Żydów.
