Po upadku Mirandy pierwszoplanową rolę w obozie republikanów zaczął odgrywać Bolivar. Teraz dopiero rozbłysnął jego talent dowódczy, organizacyjny, a przede wszystkim polityczny. Jako doskonały mówca potrafił przekonać słuchaczy do swych racji. Cechowała go wybitna inteligencja i żelazna wprost konsekwencja. Przekonany o swej roli i nieomylności, za cel postawił sobie walkę z Hiszpanią aż do zwycięskiego końca. Stanął na czele oddziału i prowadził na poły partyzancką wojnę w dżungli. Przykładem, słowem i groźbą zmuszał swych podkomendnych do morderczych marszy i starć z przeważającym wrogiem.
Przejście Kordyliery Wschodniej przyniosło mu sławę i opinię błyskotliwego wodza. Nie mniejszym echem odbił się jego wydany w Trujillo dekret o „wojnie na śmierć” z 15 czerwca 1813 roku, będący odpowiedzią na terror Hiszpanów. Wzywał w nim do walki oraz zapowiadał: „Każdy Hiszpan, który nie wystąpi wszelkimi aktywnymi i najskuteczniejszymi środkami przeciwko tyranii, będzie uznany za wroga naszej sprawiedliwej sprawy i jako zdrajca kraju zostanie rozstrzelany.
Hiszpanie i mieszkańcy Wysp Kanaryjskich, jeśli czynnie nie poprzecie sprawy wyzwolenia Ameryki, to bądźcie pewni, że umrzecie, nawet wtedy, gdy pozostaniecie neutralni”. Zapewniał jednak, że ci Hiszpanie, którzy staną po jego stronie, zostaną uznani za Amerykanów.
Bolivar nie zamierzał się zatrzymywać i bił przeciwnika bez litości. Wreszcie po przebyciu 1200 km, wygraniu sześciu bitew i pogromieniu pięciu hiszpańskich oddziałów triumfalnie wkroczył do Caracas. Ubrany w przepyszny generalski mundur zasiadł w powozie ciągniętym przez... 12 pięknych dziewcząt. Tłumy wiwatowały na cześć wyzwoliciela, który napawał się swym sukcesem.
Nie było jednak czasu na fetę. Druga republika Wenezueli wymagała jeszcze wielu wysiłków, by stać się niezależnym państwem. Libertador rzucił się w wir organizowania państwa i wypierania zeń rojalistów. Wkrótce okazało się jednak, że to nie wojska królewskie stanowią największe zagrożenie dla młodej republiki. Na przełomie 1813 i 1814 r. przeciwko republikanom, którzy nie przeprowadzili zapowiadanych reform społecznych, wystąpili pasterze llaneros. Na ich czele stał przebiegły i okrutny demagog José Tomás Boves. Szermując hasłem „Ziemie białych dla czarnych”, zyskał wielu zwolenników wśród biedaków i niewolników.