Sukces ten nie został jednak wykorzystany, bowiem dalszy marsz oddziałów federalnych wstrzymał dowódca lewego skrzydła Unii gen. Ambrose Burnside, który w obawie o swoje flanki postanowił poczekać na nadejście oddziałów prawego skrzydła. Był to błąd, gdyż czas działał na niekorzyść Jankesów.
Walki o drugą przełęcz – Turner’s Gap – rozpoczęły się dopiero ok. godz. 14. Oddziały D.H. Hilla stawiły zacięty opór dywizjom I korpusu Hookera. Nie powiódł się manewr oskrzydlający gen. Meade’a. Niewielka brygada z Alabamy niemal przez dwie godziny odpierała szaleńcze ataki ochotników z Pensylwanii. Kiedy wydawało się, że linie konfederatów lada chwila pękną pod naporem przeciwnika, na horyzoncie pojawiły się pierwsze brygady Longstreeta.
Wtedy do akcji ruszyły w końcu oddziały Burnside’a, napierając na prawą flankę konfederatów. Walki trwały aż do zmroku. Południowcy zostali wyparci ze swych pozycji. Przejścia przez South Mountain były w rękach Unii. Armia Potomaku odniosła taktyczne zwycięstwo, jednak bliżej strategicznego sukcesu byli południowcy. Od chwili, gdy rozkazy gen. Lee dostały się w ręce McClellana, upłynęły już dwa dni. W tym czasie dywizje Longstreeta zdołały się połączyć z oddziałami D. H. Hilla, a kilkanaście godzin później, rankiem 15 września, sztab Armii Wirginii Północnej otrzymał informacje o kapitulacji garnizonu Harpers Ferry.
W tej sytuacji gen. Lee postanowił raz jeszcze zaryzykować i nakazał swoim oddziałom koncentrację wokół Sharpsburga, gdzie zamierzał stoczyć główną bitwę pod osłoną potoku Antietam.
