Wypominał bezprawne działania rządu federalnego, który miał podstępem i siłą utrzymywać stan w obrębie Unii: „Marylandczycy powinni raz jeszcze skorzystać ze swego odwiecznego prawa do wolności myśli i wypowiedzi. Nie widzimy w was wrogów i będziemy strzec każdej odmiennej opinii. Do was należy decyzja o waszym przeznaczeniu, swobodnie i bez przymusu”.
Płomienna odezwa nie przyniosła jednak oczekiwanego efektu i większość mieszkańców Marylandu pozostała bierna wobec konfederackich apeli. W tej sytuacji gen. Lee postanowił uderzyć w głąb terytorium Unii, wkroczyć do Pensylwanii i zagrozić wielkim miastom Wschodniego Wybrzeża – Baltimore i Filadelfii. Gdyby manewr się powiódł, można było myśleć o zaatakowaniu Waszyngtonu od północy.
W realizacji tych planów przeszkadzał federalny garnizon w Harper’s Ferry. Pozostawienie go na tyłach armii konfederackiej byłoby nierozsądne. Nie chcąc przerywać działań ofensywnych, Lee podzielił siły na trzy części. Sześć dywizji pod dowództwem gen. Thomasa „Stonewalla” Jacksona miało zmusić do kapitulacji obsadę Harpers Ferry.
W tym czasie trzy dywizje z korpusu gen. Longstreeta miały podążać w kierunku Pensylwanii. Osłonę wschodniej flanki przed zagrożeniem ze strony Armii Potomaku powierzono dywizji gen. D.H. Hilla i kawalerii J.E.B. Stuarta.
Lee, dzieląc armię, mocno ryzykował. Liczył, że po ostatnich porażkach wojska federalne przez dłuższy czas będą niezdolne do działania. Nie docenił jednak zdolności organizacyjnych McClellana, który zdążył już uporządkować swe oddziały i tchnąć w nie na nowo ducha walki.
