W kolejnych dniach rankiem Wojtyła zwykle przewodniczył mszy św. odprawianej w głównej kaplicy Kolegium Polskiego. Podczas jednej z liturgii ks. Mieczysław Maliński w spontanicznej modlitwie wiernych modlił się o jego wybór na papieża. W modlitwie końcowej Wojtyła stwierdził: „Panie, który na słowa Piotra, odejdź ode mnie bom jest człowiek grzeszny, doceniłeś jego rozeznanie prawdy o sobie, udziel swym sługom łaski pokornego wejrzenia, aby Ciebie jedynie szukali i Ciebie jedynego znaleźli”.
Michalik przeczuwał, że ten pobyt Wojtyły może być ostatnim w Kolegium, zwłaszcza że w dykasterii kardynał Rossi coraz częściej o niego wypytywał, chciał zatem do maksimum wykorzystać obecność Wojtyły. Prosił o wskazówki potrzebne do kierowania placówką, pytał o wzorce rektorów. Kardynał ze spokojem odpowiadał, że wzorzec musi wypracować sam. Mówił też, że nie ma się o co martwić na zapas, tylko powierzać wszystkie trudne sprawy Bogu. Dzień przed rozpoczęciem konklawe na Piazza Remuria dotarła smutna wiadomość o nagłej chorobie biskupa Andrzeja Deskura, przyjaciela Wojtyły, z którym w minionych dniach praktycznie codziennie się spotykał. Telefon od sióstr sercanek pracujących u biskupa odebrał Michalik i to on musiał przekazać tę wiadomość kardynałowi. Wspomina, że reakcja była natychmiastowa. Wysłużonym samochodem Kolegium błyskawicznie pojechano do mieszkania Deskura, którego – nieprzytomnego – szykowano już do transportu do kliniki. Został tam, nie odzyskując świadomości. Wojtyła zdecydował, że odwiedzi przyjaciela następnego dnia – tuż przed wejściem na konklawe. Tak też zrobił, ale wcześniej zjadł obiad ze wszystkimi mieszkańcami Kolegium. Przy stole uważnie przypatrywał się każdemu studentowi i bezbłędnie wymieniał ich nazwiska, diecezje oraz kierunki studiów. Nie potrafił sobie tylko przypomnieć, co studiuje jeden z księży. Gdy usłyszał od Michalika, że teologię wyzwolenia, odparł krotko: „Mogłem się domyślać”. Jeszcze zanim Wojtyła wsiadł do samochodu Michalik pozwolił sobie na drobny żart. Poprosił, by kardynał wrócił do Kolegium „na biało lub czerwono”. „Nie martw się, wrócę” – usłyszał.
Nikt go nie szukał
Następnego dnia życie przy Piazza Remuria toczyło się swoim trybem, tak jakby nie trwało konklawe. Na obiad wpadł jedynie kręcący się przez cały dzień w okolicach placu św. Piotra ksiądz Dziwisz. Jak opowiadał przy stole, wśród Włochów mówiło się, że jeśli ich kardynałowie nie znajdą kandydata w swoim gronie, zagłosują na Wojtyłę. Rankiem 16 października znów pobiegł w okolice Watykanu. Michalik zajął się własnymi sprawami. Późnym popołudniem wszedł do sali telewizyjnej. Na ekranie pojawił się kardynał Pericle Felici. Zanim otworzył usta, by wygłosić tradycyjną formułę „Habemus Papam!”, Michalik już wiedział, że papieżem został Karol Wojtyła. Felici miał bowiem jakąś dziwnie zmienioną twarz, zachowywał się inaczej, niż gdy nieco ponad miesiąc wcześniej z tego samego miejsca ogłaszał wybór Jana Pawła I. Po formalnym ogłoszeniu decyzji konklawe i pierwszych słowach nowego papieża, w Kolegium nastąpiła eksplozja radości. Mieszkańcy zbiegli się do kaplicy, by odśpiewać dziękczynne Te Deum, a potem rozdzwoniły się telefony. Dzwoniły rodziny studentów, mieszkający w Rzymie Polacy, dziennikarze. Ci ostatni wypytywali o nowego papieża. Jeden zapytał nawet o to, jak ma na imię... żona Karola Wojtyły. Ze spokojem przyjął informację, że była nią święta Jadwiga.
Michalik po raz pierwszy spotkał się z Janem Pawłem II już następnego dnia. Późnym wieczorem z ks. Dziwiszem oraz bratem Marianem Markiewiczem ze Zgromadzenia Serca Jezusowego, który pracował w Kolegium, pojechali do Watykanu zawieźć rzeczy pozostawione przez papieża przy Piazza Remuria. Nie było ich wiele. Jan Paweł II modlił się w kaplicy. Michalik przysiadł na ławce. Wydawało się, że papież go nie widzi. Podszedł w końcu do niego, by się przywitać i jednocześnie pożegnać - nie chciał przeszkadzać. Jan Paweł II przytrzymał go jednak i poprosił, by jeszcze moment zaczekał. Potem papież oprowadził gości po swoich nowych apartamentach, pokazał sypialnię, gabinet, jadalnię, bibliotekę. Rektor Kolegium Polskiego odniósł wrażenie, że Wojtyła czuje się w Pałacu Apostolskim, jak gdyby mieszkał w nim od dłuższego czasu. On sam był onieśmielony. Jan Paweł II, widząc jego zakłopotanie, począł żartować, że kilka dni temu wyszedł z domu, nie wrócił, a Michalik nawet nie podjął starań, by go odnaleźć. Do tego samego wątku wrócił rok później, 17 października 1979 roku, gdy odwiedzał dom, z którego wyjechał na konklawe. Tam także wytykał Michalikowi – tym razem publicznie – że go nie szukał. Wspominał wówczas także o windzie, o której rektor Kolegium rozmawiał z nim w sierpniu. „[...] codziennie obecny tutaj mój przedmówca (abp Michalik – T. K.) suszył mi głowę w sprawie windy. I tak się ze mnie naigrawał, mówiąc: jakby tak ksiądz kardynał został papieżem, to my byśmy tutaj windę zainstalowali. I ja się pytam po roku: gdzie jest ta winda - mówił Jan Paweł II. – Oczywiście, on te pytania takie futurystyczne stawiał przede wszystkim w sierpniu. Potem ich raczej nie stawiał. Ale to w niczym nie zmienia faktu, że stawiał je w sierpniu. Ale ja się pytam: gdzie jest ta winda”.
Winda pojawiła się w domu przy Piazza Remuria w 1980 roku, a w marcu roku następnego Jan Paweł II osobiście ją poświęcił. Arcybiskup Stanisław Gądecki, który w owym czasie studiował w Rzymie, mieszkając jednak w Instytucie Polskim, wspomina że „wyłudzenie” przez Michalika tej windy było dość głośnym wydarzeniem. – To był szlagier tamtych czasów – śmieje się metropolita poznański. – Wszyscy o tym mówili, a Michalik był z tego bardzo dumny. [...]