Do roku 1990 Wadim Bakatin był ministrem spraw wewnętrznych ZSRR oraz zwolennikiem pierestrojki Michaiła Gorbaczowa. W czasach, gdy pełnił tę funkcję, MSW zniosło system płatnych informatorów policyjnych. Bakatin odmówił również wysłania wojsk MSW do tłumienia protestów niepodległościowych w republikach radzieckich, w tym – w radzieckiej wówczas – Litwie.
Wadim Bakatin kierował KGB przez kilka miesięcy, na samym końcu istnienia Związku Radzieckiego. Powołano go na to stanowisko, gdy okazało się, że poprzedni szef KGB Władimir Kriuczkow, odegrał kluczową rolę w nieudanym puczu wymierzonym w Michaiła Gorbaczowa. Jego głównym zadaniem była wówczas reforma struktur organu. W październiku 1991 roku, gdy KGB przestało istnieć, Bakatin stanął na czele Międzyrepublikańskiej Służby Bezpieczeństwa – jednej z powstałych w miejsce KGB struktur. Po tym, jak w grudniu 1991 roku służbę tę zlikwidowano, Bakatin przeszedł na emeryturę. W późniejszych latach doradzał rosyjskim firmom.