Po bezwarunkowej kapitulacji III Rzeszy w maju 1945 r. alianci starali się przejąć jak najwięcej nazistowskich archiwów dotyczących m.in. ruchu oporu w państwie rządzonym przez Adolfa Hitlera i NSDAP. Wraz z przejmowaniem archiwów Służby Bezpieczeństwa i Gestapo poznawano tożsamość ludzi zakwalifikowanych jako przeciwnicy reżimu. Fakt, że nie byli zbrukani nazistowską przeszłością, sprawiał, że stawali się użyteczni przy tworzeniu administracyjnych struktur w nowych Niemczech.
Ruch antyhitlerowski w III Rzeszy rozwinął się w trzech grupach społecznych: w środowisku cywilnym, w wojsku i wśród duchowieństwa. W mowie wygłoszonej w marcu 1933 r. w kościele ewangelickim w Poczdamie Adolf Hitler zadeklarował pełne poszanowanie autonomii kościołów. W rzeczywistości już wówczas planował całkowite podporządkowanie sobie dwóch głównych wyznań w Niemczech – protestantyzmu i katolicyzmu.
Jedna Rzesza, jeden wódz, jeden Kościół
W 1933 r. Niemcy liczyły ok. 60 mln mieszkańców i niemal wszyscy byli chrześcijanami (ok. 40 mln protestantów i 20 mln katolików). Mniej niż 1 proc. stanowili obywatele wyznania mojżeszowego. Protestanci byli skupieni w utworzonej w 1922 r. Konfederacji Niemieckiego Kościoła Ewangelickiego, w skład której wchodziło 28 regionalnych kościołów. W czasie i po reformacji powstały trzy główne nurty ewangelicyzmu: Kościół luterański, reformowany i unijny. Były także mniejsze formacje, tzw. wolne kościoły protestanckie, jak baptyści czy metodyści wywodzący się z tradycji braci morawskich. W ramach Kościoła ewangelickiego wyłoniła się też formacja Niemieccy Chrześcijanie. Z chwilą dojścia nazistów do władzy ruch ten proklamował powstanie Kościoła Rzeszy, co jednoznacznie wskazywało na pełne oddanie Hitlerowi oraz ideologii narodowego socjalizmu. Na czele Kościoła Rzeszy stanął mianowany 27 września 1933 r. na biskupa Rzeszy protestancki teolog i były wieloletni kapelan wojskowy Ludwig Müller, antysemita i zwolennik „oczyszczenia" Starego Testamentu ze wszelkich odniesień do kluczowej roli Żydów w przedchrystusowych wydarzeniach biblijnych. Jego autokratyczne zapędy w tworzeniu nowej, chrześcijańsko-aryjskiej religii III Rzeszy doprowadziły do konfliktu z innymi wyznaniami protestanckimi.
Należy podkreślić, że jesienią 1932 r. i w marcu 1933 r. duża liczba niemieckich protestantów oddała głosy na NSDAP. Antykomunizm, poczucie krzywdy z powodu reparacji wojennych, nacjonalizm i wspomnienie epoki Wilhelma II, kiedy istniał jasno określony porządek władzy państwowej i kościelnej, sprawiły, że w chwili przejęcia rządów przez katolika Adolfa Hitlera protestanci nie byli przeciwnikami narodowego socjalizmu. Nie mogli jednak nie dostrzegać zakusów elit NSDAP, w tym głównego ideologa partii Alfreda Rosenberga, ministra spraw wewnętrznych Wilhelma Fricka czy ministra propagandy Josepha Goebbelsa, dążących do podporządkowania 28 kościołów protestanckich nowej władzy. Przejawami tych zmian było m.in. rugowanie z mowy potocznej zwyczajowych pozdrowień „Szczęść Boże" („Gruss Gott") czy „Niech będzie pochwalony Jezus Chrystus" i zastępowanie ich krótkim „Heil Hitler".
Reakcją na działania nazistowskich ideologów, którzy wypaczali nauki Marcina Lutra i cenzurowali rasowo Stary Testament, było powołanie w 1932 r. Ruchu Młodoreformacyjnego. Na jego czele stanęli biskupi Hanns Lilje i Wilhelm Stählin. Ruch ten przyczynił się do powstania we wrześniu 1933 r. organizacji Przymierze Pastorów (Pfarrernotbund) zrzeszającej protestanckich duchownych, a następnie Kościoła Wyznającego (Bekennende Kirche), na którego czele stanęło około 60 pastorów. Opublikowana 30 maja 1934 r. tzw. deklaracja z Barmen autorstwa ewangelickich teologów Karla Bartha i Dietricha Bonhoeffera potępiała nazistowskie praktyki rugowania osób pochodzenia żydowskiego ze wspólnot protestanckich, sprzeciwiała się prześladowaniu pastorów oraz zwierzchności władzy państwowej nad duchowną. Dietrich Bonhoeffer za działalność opozycyjną i głoszenie antynazistowskich kazań został uwięziony i stracony 9 kwietnia 1945 r. w obozie koncentracyjnym we Flossenbürgu. Represje dotknęły też Karla Bartha, którego w 1935 r. zmuszono do opuszczenia Niemiec, gdy odmówił złożenia przysięgi na wierność Hitlerowi. Podobny los spotkał teologa Hansa Philippa Ehrenberga, który został zmuszony do emigracji do Wielkiej Brytanii z powodu swego żydowskiego pochodzenia i krytyki nazizmu. Pastor Martin Niemöller, jeden z założycieli Kościoła Wyznającego, spędził siedem lat w obozach koncentracyjnych.