Podstawą wydania listu gończego jest zamiar postawienia mu przez prokuratora 30 zarzutów, wśród których do najcięższych należą tzw. zbrodnie sądowe, czyli wydanie przez niego czterech wyroków dla działaczy podziemia niepodległościowego w oparciu o spreparowane dowody.
Jak informuje Andrzej Pozorski, szef prokuratorskiego pionu śledczego IPN, były sędzia wojskowy Stefan Michnik podejrzany jest o popełnienie w 1952 i 1953 roku zbrodni komunistycznych, „wyczerpujących znamiona zbrodni przeciwko ludzkości". Prokurator zaznacza, że nie ulegają one przedawnieniu.
Jego zdaniem Stefan Michnik sprzeniewierzył się zasadzie obiektywizmu i orzekając w sprawach karnych, „kierował się przede wszystkim przesłankami natury ideologicznej, dążąc do fizycznej eliminacji osób postrzeganych przez ówczesne władze jako przeciwników politycznych, bowiem dokonał dowolnej oceny materiału dowodowego".
Michnik przewodniczył składowi sędziowskiemu Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie, który 5 stycznia 1953 r. skazał na karę śmierci działacza organizacji niepodległościowej Kraj, 3 marca 1953 r. skazał zaś na karę śmierci kuriera II Korpusu gen. Władysława Andersa, na karę śmierci skazał również innego oskarżonego o udział w Związku Walki Zbrojnej, Armii Krajowej i Zrzeszeniu Wolność i Niezawisłość.
– Zarzuty stawiane byłemu sędziemu Stefanowi Michnikowi dotyczą także wielokrotnego bezprawnego pozbawienia wolności osób pozostających w opozycji do ówczesnych władz – dodaje prokurator Pozorski.
