Uparty i skryty Szwed postępował według własnego uznania, a nie wskazówek ciotki. Jej humory, troskliwość i próby ingerowania w sprawy państwa stawały się nie do zniesienia. Z ulgą więc Zygmunt pożegnał zrzędliwą ciotkę, która opuściła Wawel i udała się na Mazowsze.
Stamtąd zasypywała go listami. Wypominała mu: „Aleć to, panie synaczku, niedobrze, że matuchny przepominasz, ni wskazaniem, ni listkiem choćby”. Pocieszeniem dla niej był stały pobyt Anny Wazówny w Warszawie. Obie świetnie się dogadywały, co było tym dziwniejsze, że Wazówna była luteranką, a stara królowa katoliczką.
Kolejne spotkanie z „Zysiem” nastąpiło z okazji jego ślubu z Anną Habsburżanką. Zabolało ją, że odtąd musiała ustępować młodszej królowej. Zgorzkniała wycofała się więc do swej mazowieckiej rezydencji. Odtąd wzorowo odgrywała rolę ciotki i babki. Z zadowoleniem przywitała przyjście na świat dzieci Zygmunta III: Anny Marii i Władysława, których została matką chrzestną. Starannie gospodarowała w swych dobrach, walczyła o odzyskanie sum neapolitańskich oraz żarliwie oddawała się modłom. Z czasem coraz częściej myślała o śmierci. Czekał już na nią nagrobek w Kaplicy Zygmuntowskiej, jaki wyrzeźbił dla niej Santi Gucci. Pod łóżkiem leżała gromnica i suknia pośmiertna, a przy niej czuwał ulubiony ksiądz Piotr Skarga oraz ukochany siostrzeniec. Zmarła 9 września 1596 r. Zygmunt III sprawił jej wspaniały pogrzeb. Szanował ciotkę i był jej wdzięczny za koronę, którą mu ofiarowała. Została pochowana nie obok męża, ale obok ojca i brata. Podkreślała tym samym ideologiczne credo – była Jagiellonką, spadkobierczynią dumnej dynastii, ostatnią z rodu.
