Przyczyną był potajemny ślub króla z Barbarą Radziwiłłówną. Przeciwko temu mezaliansowi wystąpiła zdecydowana większość szlachty, a król odważnie przeciwstawiał się jawnym afrontom na sejmie piotrkowskim. Także dla Bony uczynek syna był przekreśleniem ambitnych planów, dlatego od samego początku starała się storpedować związek. Bolało ją, że musi oddać pierwszeństwo w państwie i sercu syna „ladacznicy” z Litwy.
Widząc nieustępliwość monarchy, dumna Włoszka spakowała kufry i ostentacyjnie wyjechała na Mazowsze. Po stronie matki murem stanęły jej córki. Zofia, Anna i Katarzyna urażone perspektywą wspólnego mieszkania z wyniesioną do królewskiej godności poddaną oświadczyły nawet, że wolą wstąpić do klasztoru lub pielęgnować chorych w szpitalu, czyniąc wyraźną aluzję do jej stanu zdrowia. Wkrótce nieszczęsna Barbara zmarła w cierpieniach, co Anna i jej siostry przyjęły z niekłamanym zadowoleniem. Jednak nawet zgon Barbary nie zlikwidował konfliktu pomiędzy matką a synem oraz oziębłości między siostrami a bratem.
Awantura zakochanego króla z poddanymi miała także swój osobisty finał dla królewien, które powoli dobiegały lat pozwalających na to, aby nazwać je starymi pannami. Kiedy oczy zamknął Zygmunt I, Zofia liczyła 26 lat, Anna 25, a Katarzyna 22. Na pogrzebie pojawili się kandydaci do rąk królewien, m.in. margrabia brandenburski Joachim III i owdowiały książę Albrecht Hohenzollern. Wszelkie jednak plany rozbijały się o mur obojętności, jaki wybudowali między sobą matka i syn. Co prawda pod pretekstem szukania męża dla córek Bona spotkała się z królem, ale nic nie ustalono.
Na dworze królowej matki zapanowała monotonia. Na pewien czas została przerwana przybyciem wygnanej z Węgier królowej Izabeli ze swym trzynastoletnim synem Janem Zygmuntem. Jej przyjazd dał okazję do spotkania rodzinnego w Płocku, na którym zjawił się Zygmunt August. Niedługo później córki Bony udały się do Krakowa na ślub królewskiego brata z Katarzyną Habsburżanką. Wielodniowa, wspaniała impreza zdawała się innym światem dla coraz bardziej popadających w staropanieństwo Jagiellonek. Zegar bił nieubłaganie. Zofia miała już 31 lat, Anna 30, a Katarzyna 27 i wszystkie zamiast wychowywać dzieci, coraz bardziej pogrążały się w dewocji. Wreszcie w 1555 r. o rękę najstarszej z córek Zygmunta wystąpił podstarzały książę brunszwicki Henryk. Zofia jednak rozchorowała się i Bona gotowa była ofiarować Henrykowi Annę. Skomplikowaną sytuację tłumaczył Jan Tarnowski: „Co się tyczy zaślubin najjaśniejszej królewny Anny, chociaż to jest rzadkie i przeciwne zwyczajom, aby młode wychodziły za mąż wcześniej niż stare, gdy jednak Bóg tak zrządził, że właśnie najjaśniejsza królewna Zofia złożona jest chorobą, lepiej i mądrzej jest wydać królewnę Annę za onego książęcia niż posłów odprawić z niczym”. Zofia nie przepuściła swej szansy, wyzdrowiała i 29 stycznia 1556 r. wyjechała do Niemiec.
