Publiczne palenie Koranu, porwania i mordowanie imamów, prześladowania szyickiej mniejszości nakręciły spiralę wendety. W marcu wybuchły walki w Nuristanie. Wiosną 1979 roku zamieszki rozszerzyły się na cały kraj. 14 marca 1979 roku w Heracie wybuchło tzw. powstanie czterech hut.

Większość żołnierzy ze stacjonującej w mieście 17. Dywizji Piechoty przystąpiła do rebeliantów. Afgańskie Siły Powietrzne wyposażone w sowieckie MiG-i zbombardowały Herat, zabijając ponad 5 tys. mieszkańców. W odwecie rozwścieczony tłum zaatakował radzieckie placówki. Nie oszczędzono inżynierów, lekarzy, a nawet pielęgniarek. Zginęło ok. 60 obywateli ZSRR. Łącznie podczas walk w Heracie zginęło ok. 25 – 40 tys. ludzi.

Wiosną 1979 roku 25 z 28 prowincji afgańskich stanęło w ogniu. Armię afgańską ogarnęła fala dezercji. Całe oddziały przechodziły z bronią na stronę rebeliantów. Pod koniec roku armia rządowa stopniała z 90 tys. do ok. 40 tys. żołnierzy. Rząd w Kabulu kilkakrotnie apelował do Moskwy o wsparcie Armii Radzieckiej. Władze nasiliły terror. Niszczono całe wioski. Masowe mordy i tortury były na porządku dziennym. Afgańska Służba Bezpieczeństwa likwidowała inteligencję, nie czekając nawet na wyroki dyspozycyjnych sądów. Na przedmieściach Kabulu działało więzienie Pul-e-Charkhi, w którym przeprowadzano masowe egzekucje. Żywych ludzi zakopywano w ziemi, polewano benzyną i podpalano. W ciągu kilku miesięcy zamordowano tam ok. 30 tys. osób. Szacuje się, że w wyniku represji w 1979 roku zginęło ok. 100 tys. Afgańczyków, a prawie pół miliona uciekło za granicę.