Przed wyprawą na Persję Filip musiał jeszcze rozwiązać konflikt wewnątrz własnej rodziny. Jego powodem był rozpad małżeństwa z pierwszą żoną Olimpias, matką Aleksandra, która wyjechała do ojczystego Epiru i namawiała swego brata, epirockiego króla Aleksandra, do wystąpienia przeciwko mężowi. W tle była kwestia następstwa macedońskiego tronu. Naturalnym kandydatem był Aleksander walczący u boku ojca pod Cheroneą i zarządzający państwem podczas jego nieobecności, ale Olimpias obawiała się, że najmłodsza żona Filipa Kleopatra da mu męskiego potomka, co zniweczy jej dynastyczne plany.
Aby przeciąć te knowania, Filip zaoferował szwagrowi z Epiru rękę swej (i Olimpias!) córki Kleopatry. Na uroczystości ślubne w 336 r. p.n.e. Olimpias nie przybyła. Zjawił się natomiast syn Aleksander. Oficjalnie dokonało się pogodzenie ojca z synem.
Do teatru w Ajgaj wkraczał Filip, mając u swego boku dwóch Aleksandrów, syna i szwagra (a zarazem zięcia). Tuż przed wejściem posłał obydwu przodem. Gdy wchodził do teatru, zbliżył się do niego Pauzaniasz, jeden z członków siedmioosobowej gwardii przybocznej (somatophylakes). Nagle wyciągnął sztylet i śmiertelnie ugodził nim Filipa w klatkę piersiową. Król skonał na miejscu. Pauzaniasz rzucił się do ucieczki, ale potknął się i nie dotarł do przygotowanych zawczasu wierzchowców.
Dopadło go trzech somatophylakes: Leonnatos, Perdikkas i Attalos. Zamachowiec zginął na miejscu. O zorganizowanie ataku oskarżono synów Aeroposa – Hieromenesa, Arrabajosa i Aleksandra z Lynkestis. Dwóch pierwszych zgładzono.
Okoliczności śmierci Filipa budzą wiele wątpliwości. Zacznijmy od motywów zabójcy. W „Żywocie Aleksandra” Plutarch stwierdza ogólnikowo, że „Pauzaniasz, doznawszy zniewagi za sprawą Attalosa i Kleopatry i nie otrzymawszy zadośćuczynienia za swą krzywdę, Filipa zamordował”. Więcej informacji o „krzywdzie” Pauzaniasza podaje w „Bibliotece historycznej” Diodor: „(Pauzaniasz) był bardzo przystojny, został więc ulubieńcem Filipa. Zauważył jednak, że król darzy uczuciem jeszcze kogoś innego, zresztą też mającego imię Pauzaniasz. Rozgniewany, obrzucił swego rywala wyzwiskami, tamten zaś, choć srodze zelżony, zachował milczenie. Nie ścierpiał jednak obrazy i zapowiedział jednemu ze swych przyjaciół, co uczyni. Kiedy kilka dni potem doszło do bitwy z Illirami, ów rywal stanął nieosłonięty przy królu i zginął przeszyty pociskami, które w niego godziły.
