Izrael pod panowaniem Mameluków, którzy położyli kres dominacji krzyżowców na terenie Palestyny, stał się podrzędną prowincją rządzoną z Damaszku. Akko, Jaffa i inne porty zostały zniszczone z obawy przed nowymi wyprawami krzyżowymi, przerwany też został handel międzynarodowy. Miasta popadły w ruinę, większa część Jerozolimy była opuszczona, a niewielka gmina żydowska żyła w skrajnej nędzy. Na dodatek Erec Israel nawiedziły zarazy, plagi szarańczy i siejące zniszczenia trzęsienia ziemi.
Wyprawy krzyżowe spowodowały nasilenie fanatyzmu religijnego, co potęgowało nastroje antyżydowskie. W latach czarnej śmierci 1348 – 1351 oskarżano Żydów o zatruwanie studzien, a inkwizycja przypisywała im m.in. bezczeszczenie hostii oraz mordy rytualne. Pojawiły się dyskryminujące ich przepisy prawa, np. nakazy zamieszkiwania w wydzielonych obszarach (getta) lub poza murami miasta czy noszenia specjalnych strojów. Żydów wygnano z Anglii (1290), Francji (1306, 1394), Hiszpanii (1492), Portugalii (1496 – 1497).