Formalną zgodę na wybudowanie uczelni wydał król Zygmunt August w 1567 r., który w przywileju nadał kierownikowi akademii tytuł rektora. Była to niezwykle ważna i prestiżowa funkcja, gdyż rektor został nie tylko wyjęty spod jurysdykcji rabina lubelskiej gminy, ale i uznany za wyższego rangą od wszystkich rabinów. Uzyskał więc pozycję wyraźnie uprzywilejowaną, zapewniającą mu wysoki prestiż społeczny oraz pełną niezależność w kształtowaniu programu, metod i organizacji studiów w jesziwie.
Pierwszym rektorem lubelskiej jesziwy został rabin Salomon Luria (1510 – 1573) zwany Maharszalem, wybitny talmudysta, autor komentarzy talmudycznych i responsów rabinackich. Luria ostro krytykował praktykowaną w Lublinie dialektyczną metodę nauczania Talmudu (pilpul). Dlatego był w sporze z wieloma rabinami, w tym z synem Szaloma Szachny, Izraelem. Jako rektor lubelskiej jesziwy propagował racjonalną metodę interpretacji Talmudu, ale jednocześnie odrzucał filozoficzne koncepcje Arystotelesa, które z jego punktu widzenia były nie do pogodzenia z nauką Tory.
Aż do połowy XVII wieku lubelska akademia talmudyczna cieszyła się wielką sławą i stawiana była za wzór w Polsce i Europie. Podzieliła ona los zniszczonej w 1655 r. dzielnicy żydowskiej
Dzięki wielkiej wiedzy i talentom dydaktycznym zdołał uczynić z lubelskiej jesziwy jedną z najlepszych akademii talmudycznych w ówczesnej Europie, która pod jego kierownictwem przeżyła największy rozkwit. Była to pierwsza w Rzeczypospolitej Akademia Talmudyczna i pierwsza wyższa uczelnia w Lublinie. Jej sława, nie tylko w Polsce, ale i w całej Europie przyczyniła się do nadania jej nazwy żydowskiego Oxfordu, a miastu nazwy Jerozolimy Królestwa Polskiego. Sam Luria zmarł w 1573 r., a napis umieszczony na jego kamieniu nagrobnym, znajdującym się na starym cmentarzu żydowskim w Lublinie, świadczy o wielkim poważaniu i sławie, jaką cieszył się za życia.
Aleksander Jagiellończyk, podejmując decyzję o zgodzie na powrót Żydów na Litwę, kierował się względami ekonomicznymi. Żydzi odgrywali już wtedy tak ważną rolę w administrowaniu i zagospodarowywaniu tych ziem, że trudno było wyobrazić sobie ich dalszy rozwój bez ich udziału
