W Kijowie, dzięki wstawiennictwu metropolity prawosławnego, kozacy ograniczyli się do „ograbienia ich z odzieży, okaleczenia, pobicia…”. Nawiasem mówiąc, teren na placu kijowskim, który należał do Żydów, przejął jeden z atamanów grodowych. Na dokładkę Chmielnicki obdarzył go wolnością pędzenia i sprzedawania alkoholu (notabene symbolem wyzwolenia się kozaków spod władzy Lachów i Żydów było przyznanie sobie prawa do propinacji). Inni oddawali się Tatarom w jasyr, licząc, że uda się im wykupić. Szacuje się, że w ten sposób ocaliło życie około 3 tys. osób. Żydzi masowo uciekali do Polski, Mołdawii, Siedmiogrodu, Czech i na Morawy oraz dalej na zachód. Szacuje się, że z Ukrainy uciekło w sumie około 8 tys. Żydów. Ogólnie w województwach ukrainnych uratowało się około 20 tys. (8 tys. na Wołyniu, 2 tys. na Podolu), zaś w czasie rzezi, której kulminacja przypadła na 1648 r. (Żydów, którzy w roku następnym próbowali powracać do swoich domostw na Wołyniu i Podolu, mordowano, choć w mniejszej skali, w następnych latach), zginęło 18 – 20 tys.
Ugoda zborowska z 1649 r. zakazywała Żydom pobytu na Kijowszczyźnie i Bracławszczyźnie, co spowodowało, że dekadę po powstaniu nie istniała tam żadna społeczność żydowska. Wszystkich wymordowano lub uciekli, jak z Łuszniowa (koło Żytomierza na Kijowszczyźnie). Czystka etniczna była całkowita, tak że studenci Akademii Mohylańskiej ułożyli na cześć Chmielnickiego, z okazji jego wjazdu do Kijowa w końcu 1648 r., osobliwy panegiryk. Oto jego fragment:
„Cześć Bogu, chwała na wieki Wojsku Dnieprowemu,
Że z Bożą łaską zagnało laszków ku portowi Wiślanemu,
A ród przeklęty żydowski znikł, czysta Ukraina,
