Przy okazji dochodziło do spektakularnych procesów, w których obwiniano ich o świętokradztwo i ku uciesze tłumu egzekwowano inkwizycyjne wyroki. Najlepszy przykład to sprawa Matatiasza Kalahory, włoskiego Żyda i krakowskiego aptekarza, którego oskarżono o napisanie antymaryjnego pamfletu. Został skazany na śmierć i ceremonialnie uśmiercony, a jego rozprawie i egzekucji towarzyszyły tak duże emocje, że niewiele brakowało, aby doszło do pogromu Żydów.
Ostatecznie kwestię współpracy Żydów z najeźdźcami zakończył król, który w 1667 r. w zamian za 100 tys. złotych ułaskawił tych, których oskarżano o zdradę. Być może w tym przypadku nie zachował się po rycersku, jednak nie można zapominać, że od początku najazdu szwedzkiego starał się temperować skłonną do antyżydowskich ekscesów szlachtę i żołnierstwo, a później, rozumiejąc, że sytuacja w zniszczonym i zdemoralizowanym kraju wymaga uspokojenia, mimo wszystko starał się za jak najmniejszą cenę ukontentować ksenofobicznie nastrojoną szlachtę i mieszczaństwo z jednej strony, z drugiej uchronić rzeczywiste i urojone ofiary.
Trudno oszacować straty, jakie poniosła ludność żydowska w latach szwedzkiego potopu. Należy pamiętać, że prócz Szwedów, koroniarzy i Litwinów głównym zabójcą Żydów były epidemie. Według ostrożnych szacunków w 1676 roku pogłówne w Koronie płaciło ponad 100 tys. Żydów, a jeśli doliczymy do tego zwolnione od podatku dzieci do lat 12, okaże się, że ludność żydowska liczyła ponad 150 tysięcy osób, podczas gdy przed wojennymi kataklizmami 400 tys.! Te dane są prawdopodobne, jeśli zważymy, że w najazdach z lat 1648 – 1667 Rzeczpospolita straciła 30 proc. z 10 milionów mieszkańców.
