Bajazytowi udało się zapanować nad sytuacją i doprowadzić bitwę oraz całą kampanię do zwycięskiego końca. Pierwszym wyzwaniem, z którym musiał się zmierzyć, był buntu anatolijskich bejów. W latach 1390 – 1392 sułtan szybko go zdławił, a sporą część zbuntowanej prowincji zaanektował.
Z powodzeniem też walczył z cesarstwem bizantyńskim. Podbił posiadłości Bizancjum po azjatyckiej stronie Bosforu. Przez wiele lat kontrolował przeżywające głęboki kryzys cesarstwo, osadzając na tronie bazyleusów Jana VII Paleologa (1390). Za jego rządów Turcy rozbili też potężne carstwo bułgarskie (1393 i 1395) i wyprawiali się do księstw naddunajskich (Wołoszczyzny), na Peloponez i Węgry.
Zwycięstwo pod Nikopolis (1396) umocniło pozycję Bajazyta w Europie i pozwoliło kontynuować podboje w Azji Mniejszej. W latach 1397 – 1398 sułtan zdobył część Karamanii oraz terytorium Burhan al Dina w Anatolii. Ekspansja na tym terenie doprowadziła do konfrontacji z chanem Timurem Kulawym (Tamerlanem). Do rozstrzygającej bitwy doszło w miejscowości Cubukovasi pod Ankarą 28 lipca 1402 roku. Krwawy bój skończył się klęską wojsk tureckich, a sułtan trafił do niewoli. Wbrew barwnej legendzie Timur nie przetrzymywał jeńca w klatce, lecz traktował jak honorowego gościa. Bajazyt tej gościnności nie przeżył. Zmarł w niewyjaśnionych okolicznościach (podejrzewano, że podano mu truciznę, mógł też umrzeć z przyczyn naturalnych) 8 marca 1403 roku.
Smutny koniec sułtana, a przede wszystkim głęboki kryzys, jaki dotknął jego imperium po najeździe mongolskim, często przesłania jego wcześniejsze przewagi. Największym sukcesem Bajazyta było znaczne powiększenie terytorium państwa Osmanów. Był też pierwszym z wielkich wodzów na tronie cesarskim. Jego znakomici następcy Mehmed II Zdobywca i Sulejman I Wspaniały kontynuowali politykę podbojów.
