Utrzymano również specjalne opłaty i podatki. Ograniczenia te nie dotyczyły neofitów. Na tę decyzję wpłynął wcześniejszy o kilka miesięcy dekret Napoleona ograniczający możliwości gospodarczego działania Żydów we Francji. Istotną rolę odegrała również opinia ministrów przekonanych, że przyznanie Żydom pełnych praw obywatelskich może nastąpić dopiero po zmianie ich obyczajów, ubioru, języka i uznaniu przez nich prymatu władz państwowych nad kahałami.

Choć napoleońska konstytucja wprowadzała również powszechny obowiązek służby wojskowej, rekrutów pochodzenia żydowskiego nie powoływano do szeregów – wynikało to zapewne z przekonania, że zawieszenie praw obywatelskich zwalnia ich z tego obowiązku. Nie naciskały na to również władze wojskowe Księstwa niewysoko oceniające przydatność Żydów do służby wojskowej. Wśród większości z nich perspektywa przywdziania munduru nie budziła najmniejszego entuzjazmu, oznaczała bowiem konieczność łamania niektórych norm zwyczajowych i religijnych (np. jedzenia niekoszernego mięsa, nieprzestrzegania szabasu, golenia bród itp.). To, a zapewne również niewielki stopień identyfikacji z państwem, skłoniło przedstawicieli gmin żydowskich do wystąpienia z prośbą o uwolnienie Żydów od obowiązku służby wojskowej w zamian za roczną opłatę 700 tys. złp. do czasu przywrócenia im praw obywatelskich.

Zawieszeniu praw obywatelskich Żydów towarzyszyły zarządzenia zmierzające do uniemożliwienia im nabywania dóbr ziemskich i ograniczenia ich osiedlania się w miastach. W 1809 r. dekret władcy zabronił im zamieszkiwać na „pryncypalnych ulicach” Warszawy ze względu na „nieochędóstwo, nieład i bezprawia, [które] są naturalnym skutkiem zbytniego skupienia się [Żydów] w małym okręgu”. Podane w dekrecie motywy nie były zresztą oderwane od rzeczywistości – w większości relacji z owych czasów uderza przykre wrażenie, jakie na ich autorach wywierał widok rejonów zwartego osadnictwa żydowskiej biedoty. Warto zauważyć, że dekret zezwalał na zamieszkanie przy głównych ulicach stolicy Żydom potrafiącym porozumieć się w języku polskim, niemieckim lub francuskim, posyłającym dzieci do szkół publicznych i nieużywającym „żadnych znaków powierzchownych, które dotąd lud starozakonny od innych mieszkańców odróżniają”.

Władze Księstwa Warszawskiego utrzymały również część zarządzeń z czasów pruskich mających częściowo ograniczyć aktywność gospodarczą Żydów, nie stosowano ich jednak rygorystycznie w obawie przed rozregulowaniem mechanizmu przepływu towarów i pieniądza. Nie ulega jednak wątpliwości, że wszyscy, którzy nadzieje na równouprawnienie Żydów wiązali z napoleońskim protektoratem, zawiedli się. Droga do niego była nadal długa – w zaborze pruskim i Galicji Żydom przyznano prawa obywatelskie dopiero po wydarzeniach Wiosny Ludów. W Królestwie Polskim i zaborze rosyjskim proces emancypacji prawnej ludności żydowskiej trwał jeszcze dłużej.