Cały tydzień między 12 a 19 kwietnia upłynął na rozpoznaniu i szarpaniu podjazdami sił przeciwnika. Tydzień zwłoki Lodiego dał Baburowi niezbędny czas na przygotowanie się do bitwy.
Zdając sobie sprawę z wielkości armii przeciwnika, Babur postanowił zadbać o swoje flanki, tak aby nie dopuścić do ich obejścia i zmusić Lodiego do czołowego ataku. Prawe skrzydło oparł o przedmieścia Panipatu, lewe zabezpieczało długi i głęboki rów, wzdłuż którego powalono drzewa i krzewy. W centrum swych pozycji Babur nakazał wykonać fortyfikacje polowe. Z okolicznych osad i wiosek, a także z własnego taboru uzbierano ok. 700 drewnianych wozów i furek, które powiązano linami, tworząc solidną konstrukcję. Pomiędzy wozami ustawiono także drewniane kozły z zaostrzonych pali. W linii umocnień, za którymi stanęły szeregi muszkieterów i łuczników, specjalnie pozostawiono luki, w których ustawiono ok. 20 dział. Zostawiono także zamaskowane przejścia dla małych oddziałów jazdy. Miały one nagłymi wypadami czynić zamieszanie wśród atakujących.
W odwodzie stanęła jazda, którą Babur podzielił na trzy części. Wzdłuż centrum z zadaniem wsparcia obrony czekała opancerzona konnica turecka. Na skrajnych flankach umieszczono lekkokonnych – ich zadaniem było wyjście w odpowiednim momencie na tyły przeciwnika i zadanie mu rozstrzygającego ciosu. W swych wspomnieniach Babur wskazywał, że pomysł obozu warownego zaczerpnął z wcześniejszych doświadczeń tureckich – latem 1514 roku w bitwie na równinie Czaldyranu ukryci za umocnieniami janczarzy sułtana Selima Groźnego z powodzeniem odpierali szaleńcze ataki perskiej jazdy.
Ibrahim Lodi pokładał nadzieję w przewadze liczebnej. Jego pewność siebie wzmocnił dzień wcześniej nieudany nocny wypad Turków. W piątkowy poranek 21 kwietnia, nie zważając na islamski nakaz odpoczynku i modlitwy, rozkazał rozwinąć się swoim wojskom wokół Panipatu. Kiedy zwiadowcy donieśli Baburowi o ruchach Lodiego, w obozie szacha Kabulu zawrzało. Kanonierzy rzucili się do dział, strzelcy zaczęli formować szyk wzdłuż umocnień, dżygici przywdzieli kolczugi i dosiedli koni.
Delhijska armia stanęła w trzech szerokich kolumnach, przed którymi rozmieszczono silną straż przednią. Plan sułtana przewidywał zdecydowany atak na prawą flankę Babura i tam zaangażowano większą część sił. Atak miały wykonać straż przednia oraz lewa i centralna kolumna. W tym czasie prawa kolumna miała nacierać na lewe skrzydło wroga.
