Korona nagrodziła jednak także Almagra, który otrzymał gubernatorstwo Nowego Toledo, rozciągające się na południe od Nowej Kastylii, która należała do Francisca Pizarra. Obaj jednak rościli sobie pretensje do Cuzco, które król przydzielił Pizarrowi.
12 czerwca 1535 roku wspólnicy zawarli układ, w którym przysięgali sobie przyjaźń, poszanowanie wzajemnych interesów i sprawiedliwy podział łupów. Podczas mszy świętej na znak pojednania połączono dłonie obu żołnierzy. Almagro miał wówczas przysiąc, że jeżeli złamie przysięgę, to Bóg „pomiesza w nim ciało i duszę”. Pizarro ruszył potem, by doglądać urządzenia Limy, a jego kompan ruszył na nieudany podbój Chile.
Kiedy Almagro próbował podbić Chile, z niewoli zbiegł Manco Inca i wywołał powstanie przeciwko Hiszpanom. W kwietniu 1536 roku zebrał wielkie siły i obległ Cuzco. Nastały ciężkie dni dla 200 oblężonych konkwistadorów. Powstańcy zajęli dużą część miasta, które utonęło w morzu płomieni. Podczas walk padł Juan Pizarro, ale mimo to Hiszpanie wytrwali do momentu, kiedy z południa nadciągnął Almagro.
Przybycie Almagra ocaliło garnizon w Cuzco. 18 kwietnia 1537 roku Almagro wkroczył do miasta i uwięził Hernanda i Gonzala Pizarrów. Jego panowanie nad miastem ugruntowało jeszcze zwycięstwo nad oddziałem wysłanym przez szefa klanu Pizarrów nad rzeką Abancay. Część żołnierzy bezceremonialnie przeszła na stronę Almagra, a dowodzący odsieczą Alonso de Alvorado został uwięziony. Zbiegł jednak z niewoli wespół z Gonzalem Pizarrem.
Na nic się zdały mediacje między wspólnikami. Dopóki Hernando Pizarro był w więzieniu, Francisco nie podejmował drastycznych kroków, a nawet zgodził się pozostawić Cuzco w rękach rywala do czasu osądzenia całego sporu przez Koronę. Almagro zaś, ku niezadowoleniu swych żołnierzy, wypuścił z niewoli znienawidzonego Hernanda. Na to tylko czekał zwycięzca spod Cajamarki.
