11 sierpnia Hiszpanie wraz z orszakiem nowego Inki i masą tragarzy wyruszyli do leżącego wysoko w Andach Cuzco. Trudne warunki terenowe, ośnieżone szczyty, groźne przełęcze i rwące rzeki hamowały marsz. Wiszące mosty przyprawiały konkwistadorów o zawroty głowy. Gorsze były jednak wieści o koncentracji tysięcy indiańskich wojowników pod Quito. Aby nie zablokowali oni drogi do Cuzco, przodem wysłano 50-osobowy oddział konnicy.
Sytuacja Pizarra i jego ludzi skomplikowała się, gdy po drodze umarł Tupa Hualpa. Na wiecu dostojników indiańskich ujawniły się obozy stronników nieżyjących władców. Pizarro niepokoił się o straż przednią pod wodzą Hernanda de Soto. Wysłał jej posiłki w sile 30 jeźdźców pod komendą Almagra. Miał nosa, gdyż Soto wpadł w pułapkę. Pod gradem oszczepów i kamieni stracił pięciu żołnierzy, a większość jego ludzi odniosła rany. Otoczeni przez Indian, czekali na śmierć lub cud. Los dał im wybawienie – oddział Almagra. Indianie wycofali się w góry.
Kolejnym pretendentem do tronu był Manco Inki Yupanqui, przyrodni brat Atahualpy. Znów Pizarro zyskał mocny atut w postaci kolejnego przedstawiciela królewskiego rodu. Przeczuwał, że pomoże mu to opanować Cuzco. 14 listopada 1533 roku Hiszpanie wśród odgłosów trąb wkroczyli do bogatego i ludnego miasta. Tłumy wyległy, by podziwiać wierzchowce, broń i zbroje najeźdźców o jasnej skórze, które zdawały się świadczyć, że są „dziećmi Słońca”. Kolumna skierowała się na centralny plac. Od razu rozpoczęto poszukiwania złota. Pizarro zabronił rabować mieszkańców, ale nic nie uchroniło pałaców i świątyń. Zrabowano wówczas złoto o wartości 580 tys. pesos i 250 tys. marek srebra.
By łatwiej rządzić państwem, Pizarro dokonał intronizacji Manco Inki. 23 marca 1534 roku założył także w Cuzco ośrodek hiszpańskiej administracji kolonialnej. Powołano radę miejską, a na placu stanął pręgierz, znak nowych porządków. Miasto to, choć liczyło kilkadziesiąt tysięcy ludzi, miało tylko 88 obywateli – oczywiście Hiszpanów. Ten symboliczny fakt jest uznawany przez niektórych za koniec podboju państwa Inków. Z czasem powstają nowe miasta – Jauja i Lima.
Wojownicy Quizquiza nie zamierzali się poddać, dlatego doszło do ciężkich walk w rejonie Jauja. Przeciwko nim walczyli nie tylko Hiszpanie, ale też sprzymierzeni z nimi Indianie Huancas.
