Od razu wybuchły niesnaski między nim a braćmi Pizarra. Ten ostatni przeciął swary i na początku 1531 roku wraz z 200 ludźmi wyruszył na podbój Peru. W Panamie pozostał Almagro, który miał zebrać posiłki.
Trasa wyprawy wiodła przez Wyspy Perłowe. Następnie Hiszpanie wylądowali na wybrzeżach Zatoki św. Mateusza. Marsz był uciążliwy i powolny, a Hiszpanie musieli się zmagać ze zmęczeniem, chorobami i zasadzkami Indian. Wreszcie dotarli do Tumbes. Miasto wyglądało zupełnie inaczej, niż zapamiętał je Pizarro – zniszczone domostwa i świątynie były pamiątką po niedawnej wojnie domowej pomiędzy Huascarem a Atahualpą. Także miesz-kańcy nie byli już tak przychylni białym przybyszom i miasto trzeba było zająć siłą. Konkwistadorzy ruszyli dalej. Uparcie przemierzali jałowe wybrzeże, tocząc walki z tubylcami. 23 września 1532 roku założyli osadę San Miguel.
Dopiero teraz wódz Hiszpanów zaczął się orientować w skomplikowanej sytuacji w inkaskim imperium. Nieopodal Huancubamby spotkał się z wysłannikiem Atahualpy. Po wymianie darów Pizarro zaproponował poparcie i pomoc dla króla, oczekując w zamian bezpieczeństwa dla swoich ludzi, kwater i zaopatrzenia w żywność. Postanowił iść do Cajamarki, gdzie przebywał inkaski władca. Przez całą drogę trwały kontakty z inkaskimi posłami, ale Pizarro był coraz bardziej przekonany o wrogich zamiarach Atahualpy.
Tymczasem Atahualpa trwał w dziwnej obojętności, której nie tłumaczy zmęczenie walką z Huascarem. Był przekonany o swej sile i miażdżącej przewadze liczebnej nad przybyszami. Być może chciał zwabić Hiszpanów w głąb imperium, zgładzić ich i zawładnąć drogocenną bronią. Blask zwycięstwa z pewnością wzmocniłby jego prestiż wobec konkurenta do tronu.
