Na miasto padł blady strach, a wkraczający Habsburgowie, łaknący odwetu na zbuntowanych czeskich protestantach, dokonali okrutnej czystki: w kilka miesięcy wymordowano ok. 600 osób – elitę polityczno-kulturalną narodu czeskiego. Większość zaangażowanych w bunt zdołała uciec, głównie do pobliskiej Saksonii. Ich dobra Habsburgowie hojnie rozdali swym zausznikom zasłużonym przy tłumieniu czeskiej rebelii – Włochowi Piccolominiemu, Francuzowi Bucquoyowi, Czechowi Wallensteinowi. Wielkie korzyści czerpały też możne rody niemieckie, m.in. Trautmannsdorfowie i Schwarzenbergowie. W sumie skonfiskowano ponad połowę wszystkich dóbr ziemskich w Czechach. Terrorowi towarzyszyło pełne podporządkowanie kraju, w którym Habsburgowie stali się władcami dziedzicznymi, a dotychczasową autonomię zlikwidowano.
Był to początek fali zbrodni i okrucieństw, która przetoczyła się przez Europę w następnych dziesięcioleciach wojny trzydziestoletniej.
