Nowy władca także próbował podważać przywileje Czechów – nie chodziło wyłącznie o kwestie wyznaniowe, ale także o wzmocnienie władzy Habsburgów w Królestwie Czeskim i wpływów niemieckich możnych kosztem starej czeskiej szlachty – ale już nie groził użyciem wojska.
Stany czeskie skutecznie blokowały działania dworu. W 1615 r. uchwaliły prawo o ochronie języka czeskiego, które wymagało, aby każdy starający się o zgodę na zamieszkanie w Czechach legitymował się jego znajomością.
Maciej nie miał dość siły i energii, by skutecznie zwalczać aspiracje stanów. Zresztą był daleki od krwiożerczości, jaka charakteryzowała jego przyszłego następcę, wówczas arcyksięcia Styrii Ferdynanda, czy Maksymiliana I Wittelsbacha. Wtórował im lichy polityk i niewiele lepszy dowódca książę Hans Urlich von Eggenberg. Wszyscy trzej parli do zduszenia przemocą opozycji w kraju nad Wełtawą. Dopóki jednak żył i jako tako rządził cesarz Maciej, protestanci mogli liczyć na zachowanie status quo.
Jednak od 1617 r., kiedy posunięty w latach władca zaczął tracić siły, sytuacja uległa zasadniczej zmianie. Katolików w Czechach denerwowały roszczenia protestantów, którzy na swą korzyść interpretowali postanowienia listu majestatycznego i budowali zbory, gdzie im się podobało – nawet w dobrach Kościoła katolickiego. W tym sporze cesarz stanął oczywiście po stronie katolików. Kryzys zaostrzył się wraz z wyborem na tron czeski, a następnie węgierski arcyksięcia Ferdynanda.
18 czerwca 1617 r., nazajutrz po koronacji Ferdynanda na króla Czech, przywódcy stronnictwa katolickiego Jarosław Borsita von Martinic i Wilhelm Slavata zasugerowali, że monarcha powinien potwierdzić list majestatyczny. Ten nie przystał na propozycję i wkrótce odsunął niekatolików od urzędów. Mnożyły się też szykany wobec protestantów: np. arcybiskup Jan Lohelius zakazał ich pochówku na cmentarzach katolickich, a rajcy z Krumlova doprowadzili do wygnania z miasta innowierców. Przywódcy obozu protestanckiego na razie tłumili wzburzenie i stali na gruncie legalizmu: prawda, Ferdynand nie potwierdził listu majestatycznego, ale go też nie cofnął. Postanowili odwołać się do arbitrażu defensorów, których wezwano do Pragi.
