Przy „rozwiązywaniu kwestii żydowskiej” na Wschodzie Niemcy wykorzystywali także silne nastroje antyżydowskie miejscowej ludności. Specjalne oddziały niemieckiej policji prowokowały i organizowały pogromy, do udziału w których zachęcano okoliczną ludność. Już w czasie zajmowania obszarów wschodnich Reinhard Heydrich wydał 29 czerwca 1941 r. polecenie dotyczące tzw. akcji samooczyszczających i określił rolę w nich Einsatzgruppen. „[...] Nie należy stawiać przeszkód dążeniom do samooczyszczania występującym w antykomunistycznych i antyżydowskich kręgach na nowo zajętych obszarach. Przeciwnie, należy je wywoływać, nie pozostawiając śladów, intensyfikować, jeśli to potrzebne, oraz kierować na odpowiednie tory, w taki sposób, żeby miejscowe „koła samoobrony” nie mogły później powoływać się na rozporządzenia lub udzielone polityczne przyrzeczenia. [...] Tworzenia stałych oddziałów samoobrony z centralnym kierownictwem należy unikać; zamiast nich celowe jest wywoływanie miejscowych pogromów, w sposób wyżej przedłożony”.
W czerwcu i lipcu 1941 r. w wielu miejscowościach Białostocczyzny, Polesia, Litwy, Białorusi, Ukrainy doszło do antyżydowskich wystąpień miejscowej ludności. Korzystając z niemieckiego przyzwolenia, w okrutny sposób znęcano się nad Żydami, bito ich i poniżano, po czym mordowano w bestialski sposób dzieci, kobiety i starców. W wielu miejscowościach dochodziło do spalenia Żydów w synagogach lub stodołach.
Najbardziej brutalne wystąpienia antyżydowskie miały miejsce 25 – 29 czerwca 1941 r. w Kownie i 25 – 27 czerwca we Lwowie.
27 czerwca Niemcy podpalili w Białymstoku dzielnicę żydowską wraz z Wielką Synagogą, do której zapędzono około 1 tys. Żydów. Mieszkaniec Białegostoku Szamaj Kizelsztejn po latach wspominał: „Po wywołaniu pożogi (Niemcy) popędzili w kierunku płonącej świątyni wszystkich Żydów, mężczyzn i młodzieńców, których mogli dopaść. Z wnętrza palącej się synagogi rozlegały się krzyki. Niemcy zmuszali Żydów do tego, żeby jedni wpychali drugich do ognia. W wypadku oporu strzelali do wszystkich, którzy się poruszali. Ciała zastrzelonych wrzucano do ognia. [...] Tego dnia Białystok ze swoimi Żydami został opuszczony przez Boga, jeśli taki istnieje?!”.
Kilka dni po tym seria antyżydowskich pogromów objęła okolice Łomży. W pierwszych dniach lipca do pogromów doszło między innymi w Wąsoszy (5 lipca) i Radziłowie (7 lipca). 10 lipca w Jedwabnem część Polaków wzięła czynny udział w okrutnym znęcaniu się, konwojowaniu i spaleniu kilkuset Żydów w stodole należącej do jednego z mieszkańców miasteczka. Do podobnych wystąpień miejscowej ludności przeciwko Żydom doszło w ponad 20 miejscowościach na Białostocczyźnie i w Łomżyńskiem. Fala pogromów i mordów latem 1941 r. przetoczyła się także przez Besarabię zajmowaną wtedy przez wojska niemieckie i rumuńskie.
