21 kwietnia oddział ŻOB dowodzony przez Edelmana przeszedł z tego terenu do getta centralnego. Stroop nie mogąc poradzić sobie z oporem Żydów, nakazał podpalenie getta. Wprawdzie nie toczyły się już regularne walki, lecz oddziałom przeczesującym getto trudno było zdobywać poszczególne, dobrze zamaskowane bunkry, w których schronili się bojowcy i cała ludność getta. 8 maja 1943 r. natrafiono na bunkier, w którym przebywała komenda ŻOB, usytuowany przy ul. Miłej 18. Bojowcy nie usłuchali wezwania do wyjścia i próbowali się bronić. Zaatakowani gazami zdecydowali się na popełnienie zbiorowego samobójstwa. Zginął Anielewicz, Wilner i kilkudziesięciu bojowców. Uratowało się tylko siedem osób. Żadna z nich nie doczekała zakończenia wojny.

Nadludzkim wysiłkiem przedstawicielstwa ŻOB po „aryjskiej stronie” udało się wyprowadzić z getta kanałami dwie grupy bojowców liczące w sumie około osiemdziesięciu osób (pierwsza wyszła 27 kwietnia, druga 9 maja 1943). Jednym z organizatorów tego drugiego przedsięwzięcia był Kazik Ratajzer (Simcha Rotem), który po kilku dniach walk został wysłany na „stronę aryjską” z zadaniem znalezienia sposobów opuszczenia getta przez walczących towarzyszy. Obie grupy, z pomocą kilku osób z GL, udało się przetransportować w okolice Łomianek, gdzie spędziły kilkanaście dni w oczekiwaniu na pomoc. Niektórzy bojowcy (np. Cywia Lubetkin i Marek Edelman) powrócili do Warszawy, większość zmuszona była pozostać na prowincji. Z uwagi na to, że ŻOB nie otrzymał żadnego wsparcia od struktur AK, zmuszony były podporządkować się PPR i GL. ŻOB-owcy zostali przewiezieni w lasy wyszkowskie, tworząc oddział im. Anielewicza, który wkrótce podzielił się na trzy niezależne od siebie grupy. Jednak bez znajomości terenu, bez poparcia miejscowej ludności, a co ważniejsze bez poparcia struktur Armii Krajowej ich los był przesądzony – w ciągu kilku miesięcy oddziały te zostały rozbite, a większość bojowców zginęła, niektórzy w tajemniczych okolicznościach i to nie tylko z rąk niemieckich.

Z raportu Stroopa, wynika, że w trakcie powstania zniszczono 631 bunkrów i ujęto 56 065 Żydów. Na miejscu zabito lub zamordowano 7 tysięcy. Do obozu zagłady w Treblince wysłano 6929. Pozostałych deportowano do obozów pracy na Lubelszczyźnie i obozu koncentracyjnego na Majdanku. Straty niemieckie wynieść miały 16 zabitych i 85 rannych. Ostatnim akordem powstania było wysadzenie w powietrze 16 maja 1943 r. o godzinie 20.15 Wielkiej Synagogi w Warszawie.