Do zbrojnych wystąpień doszło również w obozach zagłady w Treblince i Sobiborze. W Treblince wolę oporu wzmocniły wieści o długotrwałym oporze warszawskiego getta. Przygotowania pod dowództwem doktora Juliana Chorążyckiego, a po jego śmierci inżyniera Marcelego Galewskiego, trwały kilka miesięcy. Datę rozpoczęcia akcji wyznaczono na godz. 4.30 po południu 2 sierpnia 1943 r. Planowano zdobycie broni, opanowanie i zniszczenie obozu, a w końcu masową ucieczkę w okoliczne lasy.
W przededniu buntu w obozie przebywało 840 więźniów, których pilnowało 22 esesmannów i 80 wachmanów. Nie wszystkie cele udało się zrealizować. Przejęto z magazynu kilkanaście karabinów i granaty, lecz niespodziewany incydent spowodował przyspieszenie akcji o pół godziny, nie udało się powiadomić o tym wszystkich, a przede wszystkim wykorzystać elementu zaskoczenia. Próbujący sforsować bramę więźniowie znaleźli się w krzyżowym ogniu z wież strażniczych. Udało się jednak podpalić baraki i sforsować ogrodzenie.
Podczas walki zginęli przywódcy buntu i większość członków organizacji konspiracyjnej. Około 350 – 400 poniosło śmierć w obozie. 100, którzy pozostali w obozie, natychmiast rozstrzelano. Pozostali uciekli. Część z nich została osaczona i zamordowana w pierwszym dniu pościgu. Kilkudziesięciu zostało schwytanych podczas obławy w następnych dniach. Lecz ok. 100 więźniom udało się uciec. Jednym z nich był Jankiel Wiernik. Udało mu się wejść w kontakt z polskim podziemiem. W 1944 r. opublikowano jego wspomnienia „Rok w Treblince”. Wojnę przeżyło kilkudziesięciu więźniów Treblinki. Był wśród nich Samuel Willenberg, który brał później udział w powstaniu warszawskim.Dwa miesiące później wybuchło powstanie w obozie zagłady w Sobiborze. W połowie 1943 r. w obozie przebywało kilkuset więźniów. W tym okresie uaktywniła się konspiracja kierowana przez byłego przewodniczącego Judenratu w Żółkiewce Leona Felhendlera. Brano pod uwagę różne warianty ucieczki: otrucie lub wymordowanie załogi podczas snu, podłożenie bomby w kasynie oficerskim, próbę pozyskania strażników, którzy mieliby pośredniczyć między partyzantami a obozem. Wszystkie te plany okazały się nierealne.
Niezależnie grupa więźniów holenderskich, kierowanych przez oficera marynarki Josepha Jacobsa, przygotowywała masową ucieczkę przy współudziale strażników ukraińskich. Zdrada jednego z nich pokrzyżowała te plany, kilkudziesięciu zaś Żydów holenderskich rozstrzelano. Szanse na sukces wzrosły po przybyciu do obozu we wrześniu 1943 r. dużej grupy jeńców sowieckich żydowskiego pochodzenia. Był wśród nich pochodzący z Rostowa Aleksander Peczorski. On to właśnie, w porozumieniu z Feldhendlerem, stanął na czele organizacji konspiracyjnej.
14 października 1943 r. o godz. 16 rozpoczęto likwidację niemieckiej załogi. Zgładzono prawie wszystkich esesmanów. Zginęło też kilku wachmanów. Podczas chaotycznej wymiany ognia i ostrzału z wież strażniczych zginęło wielu więźniów, wielu innych padło ofiarą min. Jednak 300 więźniom udało się zbiec. Pościg podjęto dopiero rankiem następnego dnia. Niemcom udało się zamordować wielu rozproszonych w lasach uciekinierów. Grupa Peczorskiego przekroczyła Bug i dołączyła do sowieckiego oddziału partyzanckiego. Ocalał też Leon Feldhendler i inni polscy Żydzi. W sumie do końca wojny dotrwało 53.
