Wszystkie nowo powstałe republiki były szarpane konfliktami i granicznymi sporami. Słabe, rozbite i skłócone państwa południowej Ameryki nie mogły być równorzędnym partnerem dla mocarstw europejskich i USA. Na dodatek uboga ludność, zwłaszcza indiańska i kolorowa, domagała się zmiany postfeudalnej struktury społecznej, praw i ziemi.
Niewolnicy się buntowali. Widział to Bolivar i ostrzegał: „U naszych stóp zieje wielki wulkan. Kto powstrzyma uciskane klasy? Niewolnictwo zerwie swoje pęta, a ludzie owszelkich odcieniach skóry będą dążyli do władzy”. By przeciwdziałać tym tendencjom, opracował plan zorganizowania kierowanej przez przedstawicieli wszystkich krajów Konfederacji Andyjskiej z własną armią i flotą. Chciał, aby spory wewnętrzne rozstrzygano pokojowo, bez odwoływania się do siły. Postulował także zniesienie niewolnictwa i wprowadzenie kodeksu cywilnego.
Plany Bolivara przestraszyły wielu, toteż na zwołanym w 1826 roku w Panamie kongresie nie zjawili się przedstawiciele Argentyny, Chile i Brazylii. Przyjęte uchwały o współpracy, sojuszu przeciwko Hiszpanii, zakazie handlu niewolnikami nie zostały ratyfikowane przez rządy państw uczestniczących w kongresie. Na dodatek upadły plany inwazji na hiszpańską jeszcze Kubę. Przeciwstawiły się temu Stany Zjednoczone, które same zamierzały „wyzwolić” wyspę i ostrzyły sobie zęby na północne prowincje Meksyku, które padną ich łupem już za 20 lat.
Libertador miał skrępowane ręce, a jego Wielka Kolumbia trzeszczała w szwach. Coraz bardziej uwidaczniały się różnice pomiędzy Nową Granadą, gdzie większość stanowili biali, a Wenezuelą o przewadze ludności kolorowej. Spór graniczny przerodził się w zwycięską dla Kolumbii wojnę z Peru. Nie pomogło już przejęcie władzy dyktatorskiej przez Bolivara w 1828 roku ani nieustanne podróże po bezkresnych drogach, które przyniosły mu tylko przydomek Culo de Hierro (Żelazny Tyłek). Walczył o jedność państwa, ale i jemu brakowało już sił i ducha. Bolały go zdrady dawnych towarzyszy broni, obrzucanie niezasłużonymi kalumniami, a nawet próba zamachu. „Moja chwała! Czemu mi ją odbierają? Dlaczego mnie obrażają?” – pytał rozgoryczony. Jednak najbardziej dotkliwym wstrząsem było zabójstwo mężnego Sucre w 1830 roku.
Zrozpaczony rozpadem swego dzieła Bolivar w kwietniu 1830 roku zrezygnował z władzy i zamierzał wyemigrować do Europy. Nie dane mu jednak było wyjechać z ojczyzny. 47-latek przypominał starca. Schorowany, wycieńczony ciągłymi podróżami, zgryzotami i zabójczą gruźlicą, umierał w delirycznych konwulsjach. Jego ostatnie słowa: „Chodźmy, chodźmy, ci ludzie nas tu nie chcą”, oddawały stan jego krwawiącej duszy.
