342 jeńców wymordowano z rozkazu Santa Anny.Niepodległy Teksas – 3 marca uchwalono Deklarację niepodległości – mógł liczyć tylko na żołnierzy gen. Houstona. Jednak zgromadzeni w Gonzales ochotnicy na wieść o klęskach i brutalności Meksykanów stracili ducha. Wódz naczelny zarządził więc odwrót ku rzece Kolorado. Przemarsz, który odbywał się przy fatalnej pogodzie, nazwano ucieczką w błocie. Za wojskiem ciągnęły wozy osadników, którzy bali się meksykańskiej zemsty. Szacuje się, że z Teksasu zbiegło do USA ok. 20 tys. ludzi.

Mimo to szeregi Houstona ciągle zasilali nowi ochotnicy, pełni zapału do walki. Tego samego żądał nowy teksaski rząd z prezydentem Davidem Burnettem na czele, grożąc generałowi dymisją. Wódz naczelny chciał jednak wydać bitwę w dogodnym dla siebie momencie, gdy jego żołnierze będą przedstawiać realną siłę bojową. Cofał się więc dalej.

Meksykański dyktator ścigał wojska rebeliantów, by szybko rozstrzygnąć losy wojny i wrócić do stolicy. Bezskutecznie gonił za Houstonem, tocząc drobne potyczki z oddziałami osłonowymi. Nie udało mu się także dopaść rebelianckich władz, które zdążyły uciec z Harrisburga. Wreszcie po przekroczeniu Brazos Santa Anna mógł mieć nadzieję na decydującą batalię.

Tymczasem w obozie insurgentów panowało przekonanie o nieudolności wodza, który zamiast walczyć, ciągle ucieka. Część ochotników otwarcie zapowiadała odebranie mu dowództwa. Zmęczeni długim odwrotem Teksańczycy 18 kwietnia rozłożyli się obozem nad Buffalo Bayou.