Szapira urodził się w 1887 roku w Suczawie na Bukowinie. W młodości nauczał jako rabin w Glinianach koło Lwowa, gdzie dał się poznać jako doskonały mówca, propagator zreformowanego kształcenia i wychowania młodzieży w duchu ortodoksyjnym. Był także rabinem w Sanoku i Piotrkowie Trybunalskim. Jednocześnie zaangażował się w działalność polityczną w odrodzonej Polsce. W latach 1922 – 1927 z ramienia partii Agudas Jisroel (Związek Izrael) został pierwszym ortodoksyjnym posłem żydowskim w Sejmie II Rzeczypospolitej.
W tamtym okresie pojawił się pomysł utworzenia w Lublinie największej na świecie szkoły rabinackiej. Szapira potrzebował na to przedsięwzięcie ogromnych pieniędzy, dlatego w 1924 roku rozpoczął regularne wyjazdy zagraniczne w poszukiwaniu darczyńców. Odwiedził Europę Zachodnią i Amerykę Północną.
Po kilkuletnich staraniach dopiął swego. W czerwcu 1930 roku Jeszywas Chachmej Lublin – Lubelska Szkoła Mędrców – rozpoczęła działalność. Jej pierwszym rektorem został sam Majer Szapira, który objął także posadę głównego rabina Lublina. Funkcje te pełnił przez trzy lata. Pod koniec życia przeniósł się do Łodzi, skąd zamierzał udać się do Izraela. Jednak po krótkiej chorobie 27 października 1933 roku zmarł.
Wczoraj z okazji 75. rocznicy śmierci Majera Jehudy Szapiry w Lublinie odbył się koncert Yitzchaka Meira Helfgota, głównego kantora synagogi Park East w Nowym Jorku, oraz uroczyste odsłonięcie nowego aron ha kodesz (ozdobnej skrzyni do przechowywania zwojów Tory). – Każdy rabin jest ważny, ale on był wyjątkowy. Powinniśmy go naśladować – mówił podczas uroczystości rabin Schudrich.