Niemniej Konfederacja potrzebowała spektakularnego sukcesu odniesionego w walce, który można było wykorzystać w rozmowach z mocarstwami europejskimi. Doświadczenia Lee wyniesione z poprzednich kampanii dawały mu nadzieję na powstrzymanie McClellana i wycofanie się za Potomak w glorii zwycięzcy. Było to jednak igranie z losem, bowiem tym razem przewaga Unii była miażdżąca.
15 września Lee dysponował po zachodniej stronie potoku Antietam tylko korpusem gen. Longstreeta, dywizją D.H. Hilla oraz kawalerią J.E.B. Stuarta – łącznie było to niewiele ponad 18 tys. żołnierzy.
Wigoru dowódcy Unii starczyło jednak tylko na kilka godzin. Zacięty opór, z jakim Jankesi spotkali się poprzedniego dnia na przełęczy Turnera, wzbudził podejrzenia „Małego Macka”. Jak zwykle przeceniał on siły wroga, szacując je na co najmniej równe swej armii. Oddziały federalne powoli wysuwały się zza wzgórz South Mountain, skrupulatnie rozpoznając teren. 16 września minął na strzeleckich utarczkach tyralier.
Nadmierna ostrożność McClellana dała konfederatom niezbędny czas na koncentrację i ściągnięcie pod Sharpsburg korpusu Jacksona. Pod Harpers Ferry pozostała jedynie dywizja A.P. Hilla. Po przyjęciu kapitulacji i zabezpieczeniu zdobytego zaopatrzenia miała jak najszybciej dołączyć do reszty armii.
Konfederaci zajęli dogodne pozycje, lekko górując nad przedpolem. Prawe skrzydło i centrum pod dowództwem gen. Long-streeta rozciągało się na wschód od Sharpsburga, ok. 1 km od zachodniego brzegu Antietam. Lewe skrzydło gen. Jacksona zginało się łukiem na północ i opierało o zalesiony teren poprzecinany polami zboża i kukurydzy.
