Zmusiło jednak Jacksona do ściągnięcia trzech brygad z centrum i osłabienia pozycji Longstreeta. Przez kolejne półtorej godziny wykrwawione oddziały Hooda przy wsparciu brygad D.H. Hilla zmagały się z XII korpusem, walcząc o każdy metr ziemi. O godz. 9 dywizje Jacksona były już całkowicie wyczerpane bojem. Tymczasem z drugiego brzegu Antietam nadchodziły już oddziały II korpusu federalnego gen. Sumnera. Ich uderzenie musiało zmieść wrogą flankę.

Lee dostrzegł zagrożenie i natychmiast zareagował. Widząc brak zaangażowania sił federalnych na swojej prawej flance, zrobił to, co zawsze – zaryzykował. Ściągnął do centrum dywizję Walkera, pozostawiając przeciwko IX korpusowi Burnside’a tylko 2,5 tys. żołnierzy gen. D.R. Jonesa. Chwilę potem uruchomił ostatnią rezerwę w postaci dywizji gen. McLawsa i wraz z ludźmi Walkera rzucił ją do kontrnatarcia.

Konfederackie posiłki nadeszły w samą porę. Ich obecność zupełnie zaskoczyła dywizję Sedgwicka, która nieopatrznie odłączyła się od sił głównych II korpusu. Żołnierze Unii spodziewali się spotkać przed sobą wykrwawionego i zdemoralizowanego przeciwnika. Tymczasem prawie jak spod ziemi spadły na nich świeże pułki Południa. W 20 minut dywizja Sedgwicka została doszczętnie rozbita. Starcia na tym odcinku trwały jeszcze do godz. 13, ale katastrofa rysująca się na lewym skrzydle Armii Północnej Wirginii została powstrzymana.