Jego długoletnia przyjaźń z Piłsudskim skończyła się 12 maja 1926 r. na moście Poniatowskiego w Warszawie, gdy jako prezydent RP usiłował skłonić Marszałka do zaniechania zbrojnej demonstracji. Dwa dni później podał się do dymisji, by zażegnać niebezpieczeństwo wojny domowej. Wojciechowski, uczestnik paryskiego zjazdu polskich socjalistów, w latach 90. XIX w. był jednym z czołowych działaczy partii.
Od 1895 do 1899 roku nieodłączny towarzysz Piłsudskiego. Pomagał mu bowiem w redagowaniu „Robotnika” i drukował to pismo w swoim mieszkaniu w Wilnie. Fach zecera zdobył właśnie z myślą o pracy konspiracyjnej. Po pobycie w Londynie, gdzie m.in. opiekował się archiwum PPS i gościł Piłsudskiego, wrócił w 1905 r. do kraju. Mimo burzliwych ówczesnych wydarzeń wycofał się z działalności w PPS, zdegustowany przejęciem władzy w partii przez przeciwników programu niepodległościowego. Nie przyłączył się jednak do stronników Piłsudskiego.
Zainteresował się ruchem spółdzielczym i położył wielkie zasługi dla jego rozwoju. W latach 1919 – 1920 minister spraw wewnętrznych. W latach 1922 – 1926 prezydent RP. Jego następca, Ignacy Mościcki, nazwał go „szlachetną i godną postacią”. Zmarł w 1953 r. w wieku 84 lat. Pochowany na Starych Powązkach w Warszawie. Jego syn Edmund, adwokat, zginął w Auschwitz.
