Na pierwszą bojową misję okrętu podwodnego trzeba było jednak poczekać aż do 1776 roku, kiedy to okręt amerykański „Turtle” („Żółw”), napędzany siłą mięśni marynarza, przeprowadził nieudany atak na angielski liniowiec „Eagle”. Niespełna 100 lat później, podczas amerykańskiej wojny domowej, załoga konfederackiej łodzi podwodnej „Hunley” za pomocą ładunków wybuchowych posłała na dno federalny slup „Housatonic” i rozwój wojny podwodnej rozpoczął się na dobre.
Na przełomie lat 60 i 70. XIX w. powstały pierwsze konstrukcje torped o samodzielnym napędzie, a w latach 80. pierwsze okręty podwodne o napędzie elektrycznym, m.in. polskiego wynalazcy Stefana Drzewieckiego. Mimo że na początku XX wieku światowe mocarstwa dysponowały już pokaźną liczbą okrętów podwodnych, w konserwatywnych kręgach sztabowców morskich traktowano je jak niepotrzebny gadżet. Kiedy jednak 22 września 1914 roku niemiecki okręt podwodny U-9 w ciągu godziny posłał na dno trzy brytyjskie krążowniki, stało się jasne, że wojna na morzu wkroczyła w nową epokę.
Ataki podwodniaków cesarza Wilhelma na aliancką żeglugę handlową omal nie zakończyły się katastrofą gospodarczą dla Wielkiej Brytanii. Aby ograniczyć straty, alianci od 1917 roku zaczęli grupować transportowce w konwoje eskortowane przez okręty wyposażone w hydrofony (urządzenia podsłuchowe) i bomby głębinowe. U-Boot mógł teraz zatopić jeden, góra dwa statki, po czym musiał uciekać przed jednostkami ochrony.
Podczas drugiej wojny światowej Niemcy powrócili do wypróbowanej strategii wojny podwodnej. Aby skuteczniej zwalczać alianckie konwoje, zastosowali nową taktykę walki, grupując U-Booty w tzw. wilcze stada, liczące nawet do 15 – 20 okrętów, współpracujące z lotnictwem morskim.
U-Boot, który wykrył wrogi konwój, informował pozostałych myśliwych, czekając na ich przybycie. Atak całej grupy następował najczęściej nocą z powierzchni wody, co zwiększało jego skuteczność i utrudniało przeciwnikom wykrycie smukłych i niskich U-Bootów. Najbardziej doświadczone załogi potrafiły potajemnie wpłynąć w środek alianckiego ugrupowania i tam odpalić torpedy.