Także wówczas, gdy trafili do Paryża i Londynu, spotykały ich kolejne afronty, wręcz prześladowania. Dlatego wyemigrowali do Stanów Zjednoczonych. Autorytetem w tym zespole cieszyli się: płk Ignacy Matuszewski, były szef Oddziału II w wojnie 1920 roku, potem minister skarbu i poseł na Węgrzech, a nadto wybitny publicysta polityczny. Kolejnym był ppłk Wacław Jędrzejewicz, brat Janusza – premiera, który był też ministrem wyznań religijnych i oświecenia publicznego w trzech gabinetach za życia Piłsudskiego. W Nowym Jorku spotkali Maksymiliana Węgrzynka, wydawcę „Nowego Świata” w Detroit, Franciszka Januszewskiego, wydawcę „Dziennika Polskiego”, oraz wielu byłych działaczy Komitetu Obrony Narodowej z okresu I wojny.
Przyjezdni i miejscowi kontestowali politykę gen. Władysława Sikorskiego, szczególnie po układzie Sikorski – Majski z 30 lipca 1941. Kolejny kryzys przyszedł, gdy w Katyniu odkryto groby polskich oficerów, a otwarty rozłam nastąpił, kiedy dotarła wieść o śmierci Sikorskiego.
4 lipca 1943 roku zapadła decyzja o powołaniu „Instytutu Józefa Piłsudskiego poświęconego badaniu najnowszej historii Polski”. Instytut od razu włączył się do pracy naukowej, a tak naprawdę politycznej. Wydawał dzieła ukazujące politykę Sowietów, prawa Polski do Kresów, straty Rzeczypospolitej pod oboma okupacjami. Drukowano po angielsku, rozsyłano kongresmenom, senatorom, politykom i wybitniejszym osobistościom.
Pierwszym dyrektorem został Wacław Jędrzejewicz (1943 – 1949), który rozpoczął akcję pozyskiwania zbiorów i kompletowania składu. Planowano sprowadzenie do Ameryki wybitnych osobistości – pani Aleksandry Piłsudskiej, gen. Kazimierza Sosnkowskiego, ambasadora Michała Sokolnickiego, a także historyka Władysława Pobóg-Malinowskiego. Instytut był do końca lat 40. tożsamy z Komitetem Narodowym Amerykanów Polskiego Pochodzenia i traktowany jako ideowa forpoczta KNAPP. Miał w nim oparcie, także finansowe.
Po odejściu Jędrzejewicza na uczelnię IJP kierował były wysoki komisarz RP w wolnym mieście Gdańsku Marian Chodacki, a do wybitniejszych dyrektorów trzeba zaliczyć także gen. Wincentego Kowalskiego – legionistę, a w 1939 dowódcę 1. Dywizji Piechoty Legionów oraz Grupy Operacyjnej „Wyszków”.