Zdrada
Po wspólnym zwycięstwie partyzanci II Frontu zdemobilizowali się, włączając w pokojowe, choć nacechowane burzliwymi reformami życie. Menoyo i Morgan zostali mianowani przez Castro na najwyższy stopień wojskowy – comandante. Weszli do nowych władz, podobnie jak przywódcy Dyrektoriatu i innych ugrupowań demokratycznych. Jednak miodowy miesiąc zakończył się bardzo szybko.
Guevara i Raul Castro byli komunistami i w takim duchu zmieniali Kubę. W 1959 r. znacjonalizowali gospodarkę oraz sektor bankowy, nawiązując wyraźnie do wzorów sowieckich. Przystąpili szybko do marksistowskiej indoktrynacji armii, a służbę bezpieczeństwa zorganizowali na podobieństwo KGB. Kubę zalała fala represji organizowanych pod szyldem Najwyższego Trybunału Rewolucyjnego na czele z Guevarą. Jego celem było osądzenie zbrodniarzy reżimu Batisty. Na karę śmierci skazano ponad 8 tys. osób z elit gospodarczych, wojskowych i politycznych Kuby. Trudno się dziwić, że rosło niezadowolenie ideowych rewolucjonistów, którzy dostrzegali, że jedną dyktaturę zastępuje kolejna, tym bardziej że rosło niezadowolenie wsi. Wprawdzie Castro przeprowadził reformę rolną, ale chłopom oddał jedynie 40 proc. ziemi, a pozostałe 60 proc. areału upaństwowiono. Co więcej, przejęte plantacje trzciny cukrowej były nieumiejętnie zarządzane i szybko bankrutowały, a ich dotychczasowi pracownicy zasilali rzeszę bezrobotnych. Źle działo się również w polityce zagranicznej.
Castro postawił na ścisłe związki z ZSRR, na Kubę ściągali więc liczni sowieccy doradcy i instruktorzy – policyjni oraz wojskowi. Wszystko razem wywołało rozłam wśród dotychczasowych sojuszników. Na razie cichy, ale w 1960 r. zdarzyły się głośne protesty. Lewicowi studenci z Hawany demonstrowali przeciwko wizycie sowieckiego bonzy Anastasa Mikojana. Po tym wydarzeniu Dyrektoriat przeszedł do otwartej opozycji, część jego działaczy została aresztowana. Wśród nich znalazła się legenda rewolucji, comandante William Morgan. Po sfingowanym procesie został rozstrzelany za rzekomy spisek z CIA. Był to sygnał do powszechnej ewakuacji. Część byłych już rewolucjonistów, na czele z Menoyo, przedostała się do USA, gdzie założyli organizację Alfa 66, która za cel postawiła sobie antycastrowskie powstanie. Inni uciekli ponownie w góry Escambray i od nowa tworzyli partyzantkę z poparciem rozczarowanych chłopów. Tak rozpoczęła się nieznana szerzej w świecie wojna domowa, która podzieliła Kubę na pięć długich lat. To prawda, że opozycja liczyła na inwazję amerykańską oraz otrzymywała od USA pomoc wojskową i finansową. Dzięki niej Alfa 66 zorganizowała sieć konspiracyjno-dywersyjną, która pokryła wyspę, nie wyłączając największych miast. To prawda, że siatka wykonywała zadania wywiadowcze na rzecz USA. Ale po klęsce operacji CIA w Zatoce Świń (1961 r.) oraz po kryzysie rakietowym 1962 r. Waszyngton znacznie ograniczył zaangażowanie na Kubie.
Sowieccy okupanci
W tym samym czasie na wyspie wylądował kontyngent sowiecki, uznany przez wielu Kubańczyków za okupanta dokonującego zbrojnej agresji. Partyzanci atakowali nie tylko oddziały castrowskiej armii i milicji ludowej, ale także sowieckie garnizony, zadając im spore straty. Jeśli oficjalna statystyka ZSRR zamyka się 67 oficerami i żołnierzami, to dziś szacuje się, że na Kubie poległo lub umarło z ran 370. Wielu sowieckich żołnierzy chłopi zarżnęli maczetami za to, że ośmielili się dotknąć ich żon i sióstr. Ponadto partyzanci organizowali zamachy bombowe na działaczy partii komunistycznej, lokalne administracje oraz niszczyli przymusowo zakładane kołchozy. Castro odpowiedział obozami koncentracyjnymi i łagrami, ale mimo mobilizacji 70 tys. żołnierzy i 110 tys. milicjantów, podobnie jak Batista nie mógł zdławić oporu. Pomogła dopiero interwencja sowiecka.
W 1963 r. grupy operacyjne KGB założyły warowny obóz w mieście Trinidad. Tak powstała antypartyzancka baza wypadowa i centrum wyszkolenia kubańskiej służby bezpieczeństwa. Okupanci opracowali plan pacyfikacji, żywcem wzorując się na bolszewickich doświadczeniach. Wykorzystali metody Michaiła Tuchaczewskiego, który w 1922 r. zdławił chłopskie powstanie w guberni tambowskiej. Idąc tym śladem, kubańskie oddziały pacyfikacyjne dowodzone przez instruktorów sowieckich stosowały w zbuntowanych rejonach taktykę spalonej ziemi. Palono wsie, niszczono uprawy, zabijano zwierzęta domowe, a ludność zaganiano do obozów. Często brano zakładników. Identycznymi represjami objęto wszelkich przeciwników nowej dyktatury. W miastach liczba aresztowanych była tak wielka, że na obozy koncentracyjne przeznaczano stadiony sportowe.
W tym samym czasie kontrwywiad GRU rozbił konspiracyjną sieć Alfa 66. Udało się im zdekonspirować tajne radiostacje, a zatem przeciąć kanały łączności ze światem. Podczas antypartyzanckich operacji w ręce reżimu wpadł były comandante, a wówczas najzacieklejszy wróg, Eloy Gutiérrez Menoyo. Gdy doprowadzono go przed Castro, ten powiedział: „Eloy, czekałem, bo wiedziałem, że wrócisz". Partyzant został skazany na 25 lat więzienia, skąd wyszedł pod naciskiem Jana Pawła II i władz Hiszpanii. Wyjechał do USA, ale ponownie wrócił na Kubę, aby stanąć na czele zupełnie innego ruchu. Chodzi o kubańskich dysydentów, którzy bez użycia siły pragnęli skłonić Castro do demokratyzacji reżimu. Z tego samego powodu w 1994 r. wybuchły spontaniczne protesty mieszkańców Hawany. Wydarzenia nazwano Powstaniem Maleconazo. Tłumy zgromadzone na nadmorskim bulwarze o tej nazwie głośno skandowały hasło: „Cuba – Si! Fidel – No!". Ale pokojowa i pełna cierpień walka kubańskich dysydentów zasługuje na oddzielny artykuł. Najważniejsza jest pamięć o odkłamanym przebiegu kubańskiej rewolucji.