Pierwsze śledztwo w sprawie śmierci Pyjasa wszczęto po odnalezieniu jego zwłok 7 maja 1977 r. Prowadził je nieżyjący już dziś prokurator Henryk Sołga, który w uzasadnieniu umorzenia, niecałe trzy miesiące po śmierci studenta, pisał, iż „nastąpiła [ona] w wyniku nieszczęśliwego wypadku spowodowanego przez samego Stanisława Pyjasa".
Dziś wiadomo, że nad pierwszym śledztwem pełną kontrolę sprawowało Biuro Śledcze MSW, które później nadzorowało m.in. sprawę śmiertelnego pobicia Grzegorza Przemyka oraz uprowadzenia i zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki. Jak pisano w jednym z szyfrogramów wysłanych 7 maja 1977 r. z warszawskiej centrali do Krakowa, nie chodziło wtedy wcale o oficjalne włączenie się MSW do sprawy, ale o to, „by zapewnić sobie pełną wiedzę i faktyczną odpowiedzialność za sprawę".