Pierwsze śledztwo w sprawie śmierci Pyjasa wszczęto po odnalezieniu jego zwłok 7 maja 1977 r. Prowadził je nieżyjący już dziś prokurator Henryk Sołga, który w uzasadnieniu umorzenia, niecałe trzy miesiące po śmierci studenta, pisał, iż „nastąpiła [ona] w wyniku nieszczęśliwego wypadku spowodowanego przez samego Stanisława Pyjasa".
Dziś wiadomo, że nad pierwszym śledztwem pełną kontrolę sprawowało Biuro Śledcze MSW, które później nadzorowało m.in. sprawę śmiertelnego pobicia Grzegorza Przemyka oraz uprowadzenia i zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki. Jak pisano w jednym z szyfrogramów wysłanych 7 maja 1977 r. z warszawskiej centrali do Krakowa, nie chodziło wtedy wcale o oficjalne włączenie się MSW do sprawy, ale o to, „by zapewnić sobie pełną wiedzę i faktyczną odpowiedzialność za sprawę".
Zobacz też: W Krakowie stanie brama pamięci Staszka Pyjasa
Kolejne śledztwo w sprawie niewyjaśnionej śmierci Pyjasa wszczęto w latach 90. ubiegłego wieku. Prowadził je prokurator Krzysztof Urbaniak. Po mozolnym dochodzeniu i dotarciu do wielu nowych dokumentów i świadków udało mu się postawić zarzuty siedmiu osobom. Byli to jeden z byłych PRL-owskich wiceministrów, byli dyrektorzy oraz szeregowi funkcjonariusze Służby Bezpieczeństwa. Kilku z oskarżonych w trakcie procesu zmarło. Dwóch otrzymało wyroki w zawieszeniu. W styczniu 1999 r. prokurator Urbaniak umorzył dochodzenie w sprawie śmierci studenta.
11 lat temu kolejne śledztwo wszczął krakowski pion śledczy Instytutu Pamięci Narodowej. Celem tego postępowania – co wielokrotnie przy różnych okazjach podkreślano – było „wszechstronne wyjaśnienie okoliczności sprawy, a w szczególności ustalenie przyczyn śmierci Stanisława Pyjasa i osób za nią odpowiedzialnych".
