Budynek powstanie na placu przy głównej drodze przebiegającej przez Markową, na osi pomnika upamiętniającego wydarzenia z 24 marca 1944 roku. Podczas II wojny światowej hitlerowscy żandarmi rozstrzelali tam Wiktorię i Józefa Ulmów, szóstkę ich dzieci oraz ukrywane przez nich dwie żydowskie rodziny Goldmanów i Szalów. W 1995 roku izraelski instytut Jad Waszem przyznał Ulmom tytuł Sprawiedliwych Wśród Narodów Świata.

Muzeum zostanie wzniesiony według projektu opracowanego przez pracownię Nizio Design International. Budynek będzie miał kształt prostokąta, który zakończony będzie ostrym trójkątnym dachem, a jego bryła będzie się wcinać w głąb ziemi. Bryła budynku muzeum opiera się na konstrukcji żelbetowej wykończonej stalową okładziną. Multimedialna ekspozycja we wnętrzu będzie odda klimat przedwojennego miasteczka. Na ścianach będą wyświetlane filmy, mapy i stare fotografie, a pod sufitem zostaną umieszczone szyby holograficzne z rycinami przedwojennych domów. Serce podkarpackiego muzeum stanowić będzie umieszczony centralnie szklany kubik. Wewnątrz niego zwiedzający odkryją replikę domu Ulmów wraz z kryjówką, w której przebywali Żydzi. Precyzyjne odtworzenie tego miejsca będzie możliwe dzięki zachowanej kolekcji fotografii wykonanych przez Józefa Ulmę. W sąsiedztwie muzeum powstanie „sad pamięci" upamiętniający pomordowanych w czasie II wojny światowej Polaków i Żydów z Markowej.

Muzeum w Markowej będzie pierwszą w Polsce instytucją upamiętniającą Polaków, którzy podczas II wojny światowej nieśli pomoc Żydom. W 2010 roku spośród 25 projektów nadesłanych na konkurs do realizacji wybrano propozycję warszawskiej pracowni architektonicznej Nizio Design International zaangażowanej m.in. w stworzenie koncepcji wystawienniczej Muzeum Powstania Warszawskiego czy ekspozycji głównej Muzeum Historii Żydów Polskich w Warszawie.

Budowa placówki potrwa 18 miesięcy. Zakończenie prac budowlanych zaplanowane jest na marzec 2015 roku, natomiast wykończenie wnętrza i ekspozycji muzeum na być zakończone w ostatnim kwartale 2015 roku.