Nagroda Kustosz Pamięci Narodowej została ustanowiona w lipcu 2002 roku przez Prezesa Instytutu Pamięci Narodowej prof. Leona Kieresa. Jest ona przyznawana "za szczególnie aktywny udział w upamiętnianiu historii Narodu Polskiego w latach 1939–1989, a także za działalność publiczną zbieżną z ustawowymi celami Instytutu Pamięci Narodowej". Kandydatów do nagrody mogą wysuwać instytucje, organizacje społeczne i naukowe oraz osoby fizyczne. Ma charakter honorowy, a jej laureaci otrzymują tytuł Kustosza Pamięci Narodowej.
Kapituła przyznaje nagrodę corocznie. Przewodniczy jej prezes Instytutu Pamięci Narodowej. Wiceprzewodniczącymi są osoby pełniące funkcje: przewodniczącego Kolegium IPN oraz dyrektora Archiwum IPN. Członkowie kapituły to: dr hab. Filip Musiał – dyrektor Oddziału IPN w Krakowie, prof. Albin Głowacki – badacz polskich dziejów na Wschodzie po 17 września 1939 roku, Andrzej Kostrzewski – żołnierz AK, działacz WiN, wiceprezes Instytutu Katyńskiego, dr Tadeusz Krawczak – historyk w Naczelnej Dyrekcji Archiwów Państwowych, wykładowca w Papieskim Wydziale Teologicznym. Od roku 2002 w skład kapituły wchodzą kolejni laureaci nagrody. Od roku 2009 w skład Kapituły wchodzą również osoby wskazane przez Kapitułę: Paweł Kurtyka i Magdalena Merta.
"Rzeczpospolita" objęła patronat nad uroczystością przyznania nagrody.
