Można przy tym odwołać się do niepokojącej przepowiedni św. Malachiasza, która opisuje obecny pontyfikat trzema zdaniami: „W czasie najgorszego prześladowania Świętego Kościoła Rzymskiego, [na tronie] zasiądzie Piotr Rzymianin, który będzie paść owce podczas wielu cierpień, po czym miasto siedmiu wzgórz zostanie zniszczone i straszny Sędzia osądzi swój lud. Koniec".
Jak interpretować te słowa? Koniec, ale czego? Może sposobu istnienia instytucji, którą znał autor owego rzekomego proroctwa. Istnieje podejrzenie, że zostało ono sfałszowane w 1590 r., aby zwiększyć szanse wyboru na papieża kardynała Giambattisty Castagny. Zamysł się udał, ale nowo wybrany papież zmarł po 12 dniach pontyfikatu na malarię.
W 1590 r. proroctwo św. Malachiasza było odbierane jako wskazówka polityczna w procesie wielkiego oczyszczania Kościoła po zgubnej dla katolicyzmu epoce renesansu. 31 lat wcześniej, po śmierci papieża Pawła IV – którego oskarżano o chciwość, nepotyzm, symonię i życie ponad stan, za co został wygnany z Rzymu – konklawe wybrało 60-letniego kardynała Giovanniego Angelo z wielkiego florenckiego rodu Medyceuszy, który przyjął imię Piusa IV. Jego sześcioletni pontyfikat obfitował w liczne reformy głównych urzędów kurii rzymskiej: Kancelarii, Penitencjarii i Kamery Apostolskiej oraz Roty Rzymskiej. Pius IV przywrócił też zawieszone przez jego poprzednika obrady soboru powszechnego w Trydencie.
Kontynuacją tych zmian zajął się także jego następca. Papież-asceta Pius V definitywnie odcinał się od swoich renesansowych poprzedników. Kazał aresztować i wywieźć z Rzymu wszystkie prostytutki. Mieszkańcom Wiecznego Miasta zakazał odwiedzania gospód, a w Watykanie zaprowadził porządki klasztorne. Jego walka z nadużyciami, rozpustą i herezją zamieniła się w fanatyczną czystkę. Były inkwizytor zamierzał nawet zniszczyć zabytki starożytnego Rzymu, które w jego opinii były jedynie pogańskimi symbolami niegodnymi stolicy chrześcijaństwa. Rzym został zamieniony w monastyr o bardzo surowej regule. Wieczne Miasto musieli opuścić nawet biskupi i mnisi, a dwór papieski został zredukowany do kilku osób. Pius V wychodził bowiem z założenia, że największą pożywką dla ideologii protestanckiej była rozpusta Rzymian oraz wyuzdanie i rozwiązłość duchowieństwa.
Pius V zdawał sobie sprawę, że moralne oczyszczenie Kościoła nie wystarczy dla jego przetrwania. Postanowił przebudować Łódź Piotrową na okręt. W tym celu powołano organizację pod nazwą Święte Przymierze, nawiązującą do tajnego porozumienia zawartego między papieżem i angielską królową Marią Tudor.
