Ołtarz powstał 530 lat temu, wcześniej odnawiany był siedemdziesiąt lat temu (w latach 1946-49). Prace zakończone teraz rozpoczęły się w 2015 roku.
Obecnie odnowione arcydzieło składane jest z powrotem w całość. Jak podaje Społeczny Komitet Ochrony Zabytków Krakowa rozpoczęta w 2015 roku odnowa trwała sześć sezonów. Ołtarz zinwentaryzowano metodą skanowania laserowego 3D. Konserwatorzy korzystali z wyników analiz fizyko-chemicznych i tomografii komputerowej. Prace prowadzono na zapleczu ołtarza i w pomieszczeniach prezbiterium świątyni zaadaptowanych na pracownie konserwatorskie.
Konserwatorzy zapowiadają przygotowanie publikacji, które podsumują najnowsze ustalenia dotyczące warsztatu Wita Stwosza i stosowanych w nich technik, pierwotnej formy ołtarza, historii jego poprzednich konserwacji.
Całość prac kosztowała 13,7 mln zł. Narodowy Fundusz Rewaloryzacji Zabytków Krakowa zapewnił z tego 10 mln zł. Pozostałą część pokryły dotacje ministerstwa kultury, gminy Kraków, środki własne Parafii Mariackiej i datki od darczyńców. Prace wykonał zespół specjalistów pod kierunkiem konserwatora dr. hab. Jarosława Adamowicza.
