Nie pomogły prośby, ponaglenia i żądania. Henryk wybrał koronę francuską. Wobec tego szlachta była zmuszona ogłosić bezkrólewie po raz drugi. Tym razem oczy polskich szlachciców zwróciły się jednoznacznie w stronę Anny. To w jej żyłach płynęła krew Jagiellonów, to ona była symbolem trwania idei rodzimej dynastii, to wreszcie ona była owym „Piastem”, którego kandydatura zyskiwała coraz bardziej wobec przeniewierstwa Walezego. Tym razem Anna zamierzała działać rozważniej. Nasłuchiwała rad swej siostry Zofii, aby „na koszu nie osiadła jako pierwej”, „by potem śmiechu nie było”. Wykorzystując swoją popularność (zwłaszcza wśród Mazurów i Wielkopolan), zręcznie rozegrała walkę o koronę i męża dla siebie.
Z czasem tężały hasła antyhabsburskie. Za bardzo obawiano się absolutyzmu Habsburgów, ich łamania praw stanów i budowania scentralizowanego państwa. Jasne stało się, że ten, kto zechce być mężem Anny, zostanie również obrany królem. Wyczuwał to kandydat do tronu cesarz Maksymilian i godził się na ożenek arcyksięcia Ernesta z Jagiellonką. Jednak Habsburgowie przegrali batalię o polską koronę. Ostatecznie królem obwołano Annę, której „przydano” za męża szerzej nieznanego księcia siedmiogrodzkiego Stefana Batorego. Wielką w tym rolę odegrał Jan Zamoyski, który co prawda nie darzył infantki szczególną sympatią, ale niezwykle trafnie potrafił ocenić sytuację.
Tymczasem Anna, pomimo nacisków zwolenników Habsburga, przyjęła wybór i triumfalnie udała się do Krakowa, by oczekiwać swego przyszłego męża. Do pierwszego spotkania z Batorym doszło 22 czerwca 1576 roku na Wawelu. Jednocześnie trwały zażarte targi Anny ze szlachtą, która jako warunek objęcia tronu postawiła zrzeczenie się dóbr przysługujących po Zygmuncie Auguście. Dopiero wtedy mogła się odbyć tak oczekiwana przez Jagiellonkę koronacja i ślub.
